若已缴纳罚款后，行政机关又决定改为行政拘留加罚款，可分以下情况处理：

1. 行政机关程序违法，可提出异议或申请复议、诉讼
   根据《行政处罚法》规定，行政机关作出行政处罚决定前，应当告知当事人拟作出的处罚内容及事实、理由、依据，并保障当事人陈述、申辩权。若行政机关未履行上述程序（如未告知变更处罚的理由、未听取陈述申辩），直接将“仅罚款”改为“行政拘留+罚款”，属于程序违法。此时，当事人可向作出处罚的机关提出异议，要求其说明变更处罚的合法性；若异议未被采纳，可在收到处罚决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼，要求撤销或变更处罚决定。

2. 行政机关程序合法，但处罚明显不当，可申请复议或诉讼
   若行政机关在作出处罚前已履行告知义务，且当事人未提出有效异议（如未提供反驳证据或理由），行政机关根据新证据或事实（如发现违法行为情节更严重）变更处罚为“行政拘留+罚款”，程序上可能合法。但若处罚明显超出必要限度（如罚款已覆盖违法所得，再附加拘留显失公平），当事人仍可申请行政复议或诉讼，主张“处罚明显不当”，要求调整处罚内容。

3. 若原处罚决定已被执行，变更后需退还多缴款项或折抵拘留时间
   若当事人已缴纳原罚款，但行政机关后续变更处罚为“拘留+罚款”，根据《行政处罚法》“一事不再罚”原则（对同一违法行为，不得重复给予罚款处罚），行政机关应退还已缴纳的罚款，或将其折抵新处罚中的罚款部分。若新处罚包含拘留，且原罚款未退还，当事人可要求行政机关出具书面说明，明确罚款与拘留的对应关系，避免重复处罚。

具体操作建议：

• 第一步：要求行政机关出具书面处罚决定书，明确变更处罚的法律依据（如具体法律条款）和事实理由（如新发现的违法情节）。
  
• 第二步：核对处罚程序是否合法（如是否告知陈述申辩权、是否听取意见），若程序违法，直接申请复议或诉讼。
  
• 第三步：若程序合法，但认为处罚过重，可收集证据（如违法情节轻微、已主动改正等）申请复议或诉讼，主张“处罚过当”。
  
• 第四步：若已缴纳罚款，要求行政机关退还或折抵，并保留缴费凭证作为证据。
  

关键法律依据：

• 《行政处罚法》第45条（当事人陈述申辩权）、第62条（处罚明显不当的复议或诉讼）、第72条（罚款退还或折抵）。
  
• 《治安管理处罚法》第107条（对拘留处罚不服可申请暂缓执行）。
  

如有进一步细节（如处罚类型、变更原因等），可补充说明，我会结合具体情形分析。