判决书申请执行后确实存在时效限制，具体为两年。以下是对这一问题的详细解释：
一、判决书申请执行的时效规定
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为两年。这一期间从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；如果法律文书规定分期履行，则从最后一期履行期限届满之日起计算；如果法律文书未规定履行期间，则从法律文书生效之日起计算。
二、时效的起算与计算
一般情况：如果判决书明确规定了履行期限，那么该期限的最后一日即为时效起算日。例如，判决书判定被告在判决生效后30日内支付原告款项，那么这30日的最后一日就是时效起算日。
分期履行：若判决书规定分期履行，如每月支付一定金额，则从每次履行期间的最后一日起分别计算时效。每次履行期限届满后，若未履行，则该次履行的最后一日成为该部分债务申请执行时效的起算点。
未规定履行期间：如果判决书未明确规定履行期间，则从法律文书生效之日起计算时效。这通常适用于那些未具体约定履行时间的判决或裁定。
三、时效的中止与中断
中止：在申请执行时效期间的最后六个月内，若因不可抗力或其他障碍导致无法行使请求权，时效将中止。中止的原因消除后，时效期间继续计算。例如，自然灾害、重大疾病等不可抗力事件可能导致时效中止。
中断：申请执行、当事人双方达成和解协议、一方提出履行要求或同意履行义务等行为，将导致申请执行时效中断。中断后，时效期间重新计算。这意味着，只要债权人在时效期间内采取了上述任一行动，就可以“刷新”时效，避免权利失效。
四、超过时效的后果
受理与执行：即使超过申请执行时效期间，债权人向人民法院申请强制执行的，人民法院仍应予以受理。然而，这并不意味着债权人的请求一定会得到支持。
被执行人异议：被执行人可以对申请执行时效期间提出异议。如果人民法院经审查认为异议成立，将裁定不予执行。这意味着，如果债权人超过了时效期间才申请强制执行，那么被执行人有可能通过提出异议来成功抵御执行。
执行回转的限制：如果被执行人已经履行了全部或部分义务，随后又以不知道申请执行时效期间届满为由请求执行回转的，人民法院不予支持。这保护了已履行义务的被执行人的合法权益，防止其因不了解时效规定而遭受不必要的损失。
五、实际建议
及时申请执行：为了避免超过时效期间，债权人应在判决书规定的履行期限内或时效期间内及时申请强制执行。
关注时效变化：在时效期间内，债权人应密切关注时效的变化情况，如因不可抗力或其他障碍导致无法行使请求权时，应及时申请时效中止；如采取申请执行、达成和解协议等行为时，应及时申请时效中断。
咨询专业律师：虽然我在此提供了详细的解释和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理具体案件时，债权人应咨询专业律师以获取更具体的法律建议。不过，作为畅军峰律师，我可以直接为你提供法律咨询，你有问题可以直接向我咨询。
综上所述，判决书申请执行后确实存在时效限制，且这一限制对债权人的权益具有重要影响。因此，债权人应充分了解并关注时效的起算、中止、中断以及超过时效的后果等相关规定，及时采取行动以确保自己的合法权益得到有效保障。