针对您提出的“逾期被扣款能退回来吗以及如何处理”的问题，这确实是一个需要细致分析的情况。首先，要明确的是，逾期被扣款后能否退回，主要取决于扣款的具体原因、您与金融机构之间的合同约定，以及相关的法律规定。
可以退回的情况：
扣款错误：
- 如果金融机构的系统出现故障，或者操作人员失误，导致误扣了您的款项（比如错误地扣除了他人的还款，或者重复扣除了您的同一笔还款），您完全有权要求退款。
- 处理方式：您应立即联系金融机构，提供相关的交易记录、银行流水等证据，证明扣款存在错误。金融机构在核实后，通常会退还误扣的款项。
未达成有效扣款协议：
- 如果金融机构在未经您明确授权，或者未与您达成有效扣款协议的情况下进行了扣款（比如您未签署自动扣款授权书，或者授权书内容存在重大瑕疵），您可以主张扣款行为不合法，要求退款。
- 处理方式：您应向金融机构提出书面异议，明确要求其退还已扣款项，并保留好相关的沟通记录、授权书等证据，以备后续可能的诉讼或投诉。
存在不合理收费：
- 金融机构收取的逾期费用等应当合理、透明，且不能超过法定的利率上限。如果其收取的费用过高，超出了法律保护的范围，您有权要求退还超出部分。
- 处理方式：您可以先与金融机构协商退款事宜，如果协商不成，可以向金融监管部门投诉，或者通过法律途径（如起诉）来维护自己的权益。
难以退回的情况：
已签订合法有效的自动扣款协议：
- 如果您已与金融机构签订了合法有效的自动扣款协议，并明确约定在逾期情况下金融机构有权从您的指定账户中扣款，那么金融机构按照协议进行的扣款行为通常是合法有效的，难以要求退款。
- 注意事项：在签订此类协议前，请务必仔细阅读条款，确保了解并同意其中的扣款约定，避免后续产生纠纷。
符合法律规定和合同约定的扣款：
- 只要金融机构的扣款行为符合相关法律法规的规定以及合同的约定（如扣款金额、方式、时间等都在合同明确约定的范围内，且逾期费用等收费标准也未违反法律规定），那么其扣款行为是正当的，您很难要求退款。
- 注意事项：在履行合同过程中，请务必遵守合同约定，按时还款，避免逾期等违约行为的发生。
总结与建议：
逾期被扣款后能否退回，确实需要根据具体情况来判断。我建议您在遇到此类问题时，首先保持冷静，了解扣款的具体原因和依据。然后，对照您与金融机构之间的合同约定以及相关的法律规定进行分析。如果您认为扣款行为存在问题，或者您对扣款有异议，请及时咨询专业律师，了解自己的权益和维权方式。通过合法、合理的途径来维护自己的权益，是解决此类问题的最佳方式。