核心结论：若电动摩托车被认定为全责，需赔偿对方5000元修车费用，赔偿方式及流程需结合事故处理阶段、保险情况、对方诉求综合判断，具体分以下情况说明：

1. 事故责任已明确，且双方无争议

若交警已出具《交通事故责任认定书》，明确电动摩托车全责，且双方对责任划分无异议，赔偿流程如下：

• 直接赔偿：您需主动联系对方车主或其保险公司，确认修车费用明细（如维修清单、发票等），在核实费用合理后，直接支付5000元给对方或其指定的维修方。
• 保险理赔：若您的电动摩托车投保了交强险或第三者责任险，可联系保险公司报案，由保险公司定损后直接向对方赔付（需提供责任认定书、维修发票等材料）。需注意：交强险财产损失限额为2000元，超出部分需由商业险或您个人承担。

2. 对方要求额外赔偿或存在争议

若对方除修车费外，还主张误工费、交通费等其他损失，或您对修车费用合理性存疑，需按以下步骤处理：

• 核实损失合理性：要求对方提供修车发票、维修清单、定损报告等证据，确认费用是否与事故直接相关（如是否包含非事故损坏部件）。
• 协商或诉讼解决：若双方对赔偿金额无法达成一致，可申请交警调解，或直接向法院起诉，由法院根据证据判定赔偿范围。需注意：电动摩托车属机动车范畴，若未投保交强险，您需在交强险限额内（2000元）先行赔偿，超出部分再按责任比例承担。

3. 特殊情形：对方未及时修车或扩大损失

若对方拖延修车导致费用增加（如车辆长期停放产生停车费），或自行更换非必要部件（如豪华配件替代原厂件），您可拒绝赔偿扩大部分损失。此时需保留相关证据（如照片、沟通记录），并在协商或诉讼中主张扣除不合理费用。

行动建议：

1. 立即联系对方或保险公司，确认修车进度及费用明细；
   
2. 若投保商业险，优先通过保险理赔，避免个人垫付；
   
3. 对费用存疑时，可要求共同委托第三方机构定损；
   
4. 保留所有沟通记录、付款凭证，以备后续争议使用。
   

如有其他细节需进一步分析（如保险条款、对方诉求等），可直接向我咨询。