在网上起诉离婚时，离婚协议建议准备至少三份，具体原因及注意事项如下：
法院留存：在提交网上离婚诉讼材料时，需向法院提交离婚协议作为证据材料之一，法院会留存一份作为案件卷宗材料。
双方当事人各持一份：离婚协议是双方就离婚相关事宜（如子女抚养、财产分割、债务处理等）达成的合意，双方当事人应各自持有一份原件，以明确各自的权利义务。
其他可能需要的情形：
- 公证或备案：若双方选择对离婚协议进行公证或到相关部门备案，可能需要额外提供离婚协议原件。
- 后续执行或变更：在离婚协议执行过程中，若因子女抚养、财产分割等问题产生争议，可能需要提供离婚协议原件作为证据。
注意事项：
- 离婚协议内容合法有效：离婚协议的内容应符合法律法规的规定，不得违反公序良俗，否则可能导致协议无效或部分无效。
- 双方自愿签署：离婚协议必须是双方自愿签署的，任何一方不得在胁迫、欺诈等情形下签署离婚协议。
- 网上起诉离婚的特殊性：在网上起诉离婚时，需按照法院的要求提交电子版或扫描版的离婚协议，但为确保法律效力，建议在签署后保留好纸质原件。