民事调解书中的个人赔偿是否需要代扣代缴个人所得税，需分情况讨论：

1. 与生产经营无关的赔偿
   若赔偿属于个人因身体伤害、精神损害等非生产经营活动产生的补偿（如交通事故赔偿、医疗纠纷赔偿、人身伤害赔偿等），根据《个人所得税法》第四条及《国家税务总局关于个人取得有关收入适用个人所得税应税所得项目的公告》（2019年第74号），此类赔偿属于免税范围，无需缴纳个人所得税，支付方也无需代扣代缴。

2. 与生产经营相关的赔偿
   若赔偿与个人从事生产经营活动直接相关（如合同违约赔偿、侵权赔偿中涉及经营性损失的部分），则需区分性质：

   • 经营性收入补偿：若赔偿实质是对个人经营收入的补偿（如因违约导致预期收益损失的赔偿），可能被认定为“经营所得”，需按《个人所得税法》第三条缴纳个人所得税，支付方有代扣代缴义务。
     
   • 财产转让补偿：若赔偿涉及财产转让（如房屋买卖违约赔偿），可能被认定为“财产转让所得”，按20%税率缴纳个人所得税，支付方需代扣代缴。
     
   • 偶然所得：若赔偿无法明确归类为上述类别，但属于个人偶然取得的收入（如抽奖式赔偿），可能按“偶然所得”以20%税率征税，支付方需代扣代缴。

3. 特殊情形：工资薪金类赔偿
   若赔偿涉及劳动关系（如用人单位违法解除劳动合同的赔偿），根据《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》（财税〔2001〕157号），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分免征个人所得税，超出部分按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税，由支付方代扣代缴。

实务建议：

• 赔偿协议中应明确赔偿性质及用途，避免税务争议；
  
• 支付方需根据赔偿性质判断是否需代扣代缴，必要时可咨询税务机关；
  
• 若对税务处理存在疑问，可直接向我咨询具体案件的税务合规问题。