在侵犯著作权罪中，若员工主观上不明知单位在实施侵权行为，通常不会被追究刑事责任，但具体还需结合员工在单位中的角色、行为及地位等因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：
基本法律规定
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百一十七条，侵犯著作权罪需以营利为目的，且违法所得数额较大或有其他严重情节。若员工主观上不明知单位在实施侵权行为，则缺乏构成该罪的主观要件，即“故意”。
- 《刑法》第二百二十条进一步规定，单位犯侵犯著作权罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照各该条的规定处罚。这意味着，只有直接负责的主管人员和其他直接责任人员才可能因单位犯罪而被追究刑事责任。
员工刑事责任的判定
- 直接负责的主管人员和其他直接责任人员：这类员工因其在单位犯罪中的地位和作用，若明知单位在实施侵犯著作权的行为而参与或默许，则将直接面临刑事处罚。量刑标准依据《刑法》第二百一十七条的规定，根据违法所得的数额和犯罪情节的严重程度来判断。
- 普通员工：若员工没有参与单位侵犯著作权犯罪行为，或仅为一般工作人员，对单位侵犯著作权犯罪行为不知情，未起到实质性帮助等作用，则通常不会被追究刑事责任。因为这类员工缺乏构成侵犯著作权罪的主观故意和客观行为。
综合考虑因素
- 在实践中，判断员工是否构成犯罪及具体量刑时，还需综合考虑员工的主观认知、客观行为以及在单位犯罪中的地位等因素。例如，员工是否明知或应知单位在实施侵犯著作权的行为，是否在单位犯罪中起到了实质性帮助作用等。
- 若员工能够证明自己确实不知情，且未参与单位侵犯著作权的行为，那么其被追究刑事责任的可能性将大大降低。
法律建议
- 对于员工而言，若发现自己所在单位可能涉及侵犯著作权的行为，应尽快向单位管理层或相关部门反映情况，并保留好相关证据，以证明自己确实不知情且未参与。
- 若员工已被卷入单位侵犯著作权罪的调查中，应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据，以维护自己的合法权益。
总结来说，在侵犯著作权罪中，若员工主观上不明知单位在实施侵权行为，且未参与单位犯罪行为，则通常不会被追究刑事责任。但具体还需结合员工在单位中的角色、行为及地位等因素综合判断。若您对此问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。