针对您提出的问题，即孩子已上别人户口但自己怀疑是自己的，想要合法地和孩子做司法亲子鉴定，以下是我为您提供的详细解答：
首先，您需要明确的是，司法亲子鉴定是法律认可的唯一选择，当您需要鉴定结果用于上户口、遗产继承、诉讼等法律场景时，必须选择司法亲子鉴定。这种鉴定方式程序严谨，结果具有法律效力。
接下来，我为您梳理一下司法亲子鉴定的具体流程：
委托手续：
- 您需要通过法院、律所或直接向具有《司法鉴定许可证》的司法鉴定机构提出申请。
- 由于孩子是未成年人，需要其监护人（在您的情况下，若您是孩子的生父且孩子尚未成年，您在法律上可能被视为监护人之一，但具体需根据实际情况和法律规定判断）的同意。若孩子已满12岁，还需要其知情并同意。
身份验证：
- 您需要携带自己的身份证原件，以及孩子的出生证（如果可能的话，尽管孩子已上别人户口，但出生证仍是证明孩子身份的重要文件）或其他能证明孩子身份的文件（如户口本复印件，但需注意这可能涉及隐私和法律问题，需谨慎处理）。
- 现场将核验您的身份以及孩子的相关信息。
采样环节：
- 采样必须由持证鉴定人员亲自进行，通常采集的是血液或口腔拭子样本。
- 禁止自行送检，以确保样本的真实性和完整性。
报告出具：
- 鉴定机构将在5-7个工作日后出具报告。
- 报告仅限委托人（即您）领取，内容可作为法律证据。
在准备进行司法亲子鉴定时，您还需要注意以下几点：
- 选择正规机构：务必选择具有《司法鉴定许可证》的正规司法鉴定机构，以确保鉴定结果的准确性和法律效力。
- 保护孩子隐私：在鉴定过程中，要尊重孩子的隐私和感受，避免对其造成不必要的心理伤害。
- 法律咨询：由于涉及法律问题，建议您在鉴定前咨询专业律师，了解相关法律规定和可能面临的法律后果。
最后，我想强调的是，亲子鉴定背后往往关联着复杂的情感与责任。无论结果如何，都请您理性对待，并承担起相应的法律责任和道德义务。希望我的解答能对您有所帮助，如有其他疑问，请随时咨询。