针对您提出的“公司员工请病假超出时间怎么处理”的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和公司管理实务的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工病假超出时间，通常指的是员工已经用完了法定的医疗期，但仍然因病无法返回工作岗位。在这种情况下，公司的处理方式需要依据当地的劳动法律法规以及公司的规章制度来综合确定。
一、法律层面的分析
医疗期内的支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及其相关意见，职工在规定的医疗期内，企业需要支付其病假工资或疾病救济费。这些费用可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的80%。
医疗期外的支付争议：
- 对于超过法定医疗期是否需要支付病假工资，法律并未明确规定。这通常取决于当地的具体规定或公司的规章制度。
- 如果当地明确规定超过医疗期仍需支付病假工资，公司应按照不低于规定的标准支付。
- 如果当地规定未区分医疗期内外的支付标准，公司也应按照不低于规定的标准支付。
- 如果当地规定仅明确了医疗期内的支付标准，公司可以按照低于规定的标准支付或不支付，但需注意可能存在的法律风险。
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确约定了超过医疗期的支付标准，公司应按照约定支付。
二、实务操作建议
医疗期未满的情况：
- 如果员工医疗期未满但未继续办理病假手续，公司应书面催告员工复工，并告知其已构成旷工行为。给予员工限期补办病假手续的机会，否则按照旷工处理。旷工达到一定天数构成严重违规的，公司可以依法与其解除劳动合同。
- 如果员工医疗期未满且继续办理新的病假手续，公司应依法让其继续享受医疗期。
医疗期已满的情况：
- 公司应以书面形式要求员工确认其不能从事原工作。然后，公司应给员工另行安排工作，并通知员工上班。
- 如果员工继续请假不来上班，则构成了“不能从事由用人单位另行安排的工作”。公司需要员工书面确认此情况，并根据《劳动合同法》第四十条第一项规定，提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，可以解除劳动合同。同时，公司应依法支付相应的经济补偿。
- 如果双方对员工是否能够从事原工作或新工作存在争议，可以根据当地规定进行劳动能力（复工）鉴定，并根据鉴定结果进行处理。
三、额外建议
- 完善公司规章制度：公司应制定明确的病假管理制度，包括医疗期的计算、病假工资的支付标准、病假期满后的处理流程等，以确保公司处理此类问题时有章可循。
- 加强沟通与协商：在处理员工病假超出时间的问题时，公司应加强与员工的沟通与协商，尽量通过友好协商的方式解决问题，避免引发劳动争议。
- 关注员工健康：公司应关注员工的健康状况，提供必要的帮助和支持，如提供医疗咨询、协助办理病假手续等，以体现公司的人文关怀。
综上所述，公司处理员工病假超出时间的问题时，需要综合考虑法律层面的规定和实务操作的需要，制定合理的处理流程，并加强与员工的沟通与协商，以确保问题的妥善解决。