违反《宗教事务条例》第四十条的处置方式需根据具体违法情形确定，主要包括责令改正、没收违法所得、罚款、责令停止活动、吊销登记证书等行政处罚措施，情节严重构成犯罪的将依法追究刑事责任。以下结合具体违法情形展开说明：

1. 擅自举行大型宗教活动
   若违反第四十条关于”举行大型宗教活动需提前向宗教事务部门申请”的规定，擅自组织活动的，宗教事务部门将责令停止活动；有违法所得的，没收违法所得，可并处违法所得1-3倍罚款（无违法所得则处10万元以下罚款）；若活动存在安全隐患或违反治安管理规定，公安机关将依法处理。

2. 跨区域举行宗教活动未备案
   跨省、自治区、直辖市举行超过宗教活动场所容纳规模的大型宗教活动，或在宗教活动场所外举行大型宗教活动未备案的，宗教事务部门将责令改正；情节严重的，责令停止活动，可并处5万元以下罚款；若引发群体性事件或造成严重社会影响，将追究组织者行政责任。

3. 利用宗教活动非法牟利
   若在宗教活动中违规收取费用或通过宗教活动获取经济利益（如强制捐赠、高价售卖宗教用品等），宗教事务部门将没收违法所得；情节严重的，处违法所得3倍以下罚款（最高不超过30万元）；若涉及诈骗、非法经营等犯罪行为，将移送司法机关追究刑事责任。

4. 煽动宗教狂热或破坏社会秩序
   在宗教活动中宣扬极端主义、煽动宗教狂热，或利用宗教进行破坏社会秩序、损害公民身心健康活动的，公安机关将依法予以治安处罚；构成犯罪的（如煽动分裂国家、组织利用邪教破坏法律实施等），将依据《刑法》追究刑事责任，最高可处无期徒刑。

5. 宗教团体/场所管理责任
   若宗教团体、宗教活动场所违反第四十条管理规定（如未履行活动审批义务、纵容违规行为等），宗教事务部门将责令改正；情节严重的，责令撤换直接负责的主管人员；情节特别严重的，登记管理机关将吊销其登记证书。

特别提示：

• 行政处罚由县级以上宗教事务部门或公安机关实施，具体程序需遵循《行政处罚法》规定（如立案、调查、听证、送达等）。
  
• 若对处罚决定不服，当事人可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。
  
• 实践中需结合《宗教事务条例》其他条款（如第六十五条、第六十八条）综合判断违法情节轻重。
  

如有具体案件细节需要分析，可直接向我咨询，我将结合证据材料提供进一步法律意见。