结论：协议书中约定将款项打在乙方法人个人账户上，这一行为是否合法，需结合具体情况判断，一般情况下，若该行为未违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，则可能合法；但若存在逃避债务、偷税漏税等违法情形，则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
双方真实意思表示：
- 如果协议书的双方（甲方个人和乙方公司）均明确同意将款项支付至乙方法人的个人账户，且这一约定是双方真实意思的表示，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么从合同自由的角度来看，这一约定是合法的。
不违反法律法规强制性规定：
- 款项支付至个人账户本身并不直接违反法律法规的强制性规定。关键在于这一支付行为是否伴随着其他违法情形，如逃避债务、偷税漏税等。如果支付行为本身合法，且没有损害国家、集体或第三人的利益，那么这一约定是合法的。
实际履行中的便利性：
- 在某些情况下，将款项支付至乙方法人的个人账户可能出于实际履行的便利性考虑，如乙方法人个人账户便于接收款项、便于管理资金等。只要这种便利性不违反法律法规和公序良俗，且双方均同意，那么这一约定也是合法的。
二、不合法情形
逃避债务：
- 如果乙方公司通过将款项支付至法人的个人账户来逃避公司债务，损害债权人的利益，那么这一行为是不合法的。根据《公司法》等相关法律法规，公司应当以其全部财产对公司的债务承担责任。如果公司通过不正当手段转移财产、逃避债务，将可能面临法律制裁。
偷税漏税：
- 如果乙方公司通过将款项支付至法人的个人账户来隐瞒收入、偷税漏税，那么这一行为也是不合法的。根据《税收征收管理法》等相关法律法规，纳税人应当如实申报纳税、缴纳税款。如果纳税人通过不正当手段隐瞒收入、偷税漏税，将可能面临税务机关的处罚。
违反公司财务管理制度：
- 乙方公司作为法人实体，应当建立完善的财务管理制度，确保公司资金的合法、合规使用。如果公司将款项支付至法人的个人账户，违反了公司的财务管理制度，且没有合理的解释和依据，那么这一行为可能被视为不合法。
三、法律建议
明确约定支付账户：
- 在签订协议书时，双方应当明确约定款项的支付账户，并确保该账户符合法律法规和双方的真实意思表示。如果需要将款项支付至个人账户，应当明确说明原因和目的，并确保不违反法律法规的强制性规定。
遵守法律法规和公序良俗：
- 双方在履行协议书时，应当遵守法律法规和公序良俗，不得利用支付账户进行违法活动或损害国家、集体或第三人的利益。
建立完善的财务管理制度：
- 乙方公司作为法人实体，应当建立完善的财务管理制度，确保公司资金的合法、合规使用。如果需要将款项支付至个人账户，应当建立相应的审批和监管机制，确保支付行为的合法性和合规性。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。