父亲怀疑孩子非亲生，首先应当冷静处理，通过合法途径来确认亲子关系，并依据确认结果采取相应的法律措施。以下是从不同角度为你详细分析的处理方式：

一、确认亲子关系

1. 协商进行亲子鉴定：

   • 法律依据：虽然我国法律并未明确规定亲子鉴定的具体程序，但根据《民法典》的相关原则，亲子关系的确认应当基于事实和证据。亲子鉴定作为一种科学手段，能够准确判断亲子关系。
   • 操作建议：父亲可以与母亲协商，共同带孩子到具有资质的鉴定机构进行亲子鉴定。在协商过程中，应保持冷静和理性，避免情绪化的冲突。

2. 单方申请亲子鉴定：

   • 特殊情况：如果母亲拒绝配合进行亲子鉴定，父亲在提供必要证据证明存在合理怀疑的情况下，可以向法院申请强制进行亲子鉴定。但这种情况较为复杂，需要具体证据支持，且法院会综合考虑各种因素来决定是否准许。
   • 操作建议：在申请前，父亲应收集相关证据，如孩子的出生记录、血型、外貌特征与父亲不符等，以证明其怀疑的合理性。同时，应咨询专业律师，了解申请流程和可能面临的法律风险。

二、依据确认结果采取法律措施

1. 如果亲子鉴定结果确认孩子为亲生：

   • 法律后果：父亲应继续履行抚养义务，包括提供生活费、教育费、医疗费等。同时，父亲也有权要求母亲共同承担抚养责任。
   • 操作建议：父亲可以与母亲协商制定抚养计划，明确双方的责任和义务。如果协商不成，可以向法院提起诉讼，要求法院判决母亲承担相应的抚养责任。

2. 如果亲子鉴定结果确认孩子非亲生：

   • 法律后果：
     • 抚养费返还：父亲有权要求母亲返还其已支付的抚养费。根据《民法典》的相关规定，如果一方因错误认识而抚养了非亲生子女，有权要求返还抚养费。
     • 精神损害赔偿：父亲还有权要求母亲赔偿其因抚养非亲生子女而遭受的精神损害。但这一请求需要具体证据支持，且法院会综合考虑各种因素来决定是否准许以及赔偿的数额。
   • 操作建议：父亲应收集相关证据，如亲子鉴定报告、抚养费支付记录等，以证明其主张。同时，应咨询专业律师，了解诉讼流程和可能获得的赔偿数额。在提起诉讼时，可以一并要求母亲返还抚养费和赔偿精神损害。

三、注意事项

• 保护孩子隐私：在处理此类纠纷时，应特别注意保护孩子的隐私和心理健康。避免在孩子面前讨论亲子关系问题，以免对其造成不必要的伤害。
• 理性处理纠纷：无论结果如何，父亲都应保持冷静和理性，避免情绪化的冲突和过激行为。通过合法途径解决纠纷，维护自己的合法权益。

最后，我建议你先与母亲进行协商，尝试通过和平方式解决纠纷。如果协商不成，再考虑通过法律途径来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。