结论：针对您网贷本金利息都已还清，但无法开具结清证明且被指存在逾期的情况，这可能是由于系统更新延迟、信息录入错误或沟通不畅等原因造成的。以下是从不同角度为您提供的分析和建议。
一、可能的原因分析
系统更新延迟：
- 金融机构的系统可能存在更新延迟的情况，导致您已经还清贷款的信息未能及时反映在系统中。这种情况下，即使您已经还款，系统可能仍显示您有未结清的贷款或逾期记录。
信息录入错误：
- 在贷款处理过程中，可能由于人为操作失误或系统故障，导致您的还款信息被错误录入。例如，还款金额、还款日期等关键信息可能被错误记录，从而引发结清证明无法开具或逾期记录的问题。
沟通不畅：
- 您与金融机构之间的沟通可能存在障碍，导致信息传递不及时或不准确。例如，您可能已经通过某种方式还款，但金融机构未能及时收到或确认还款信息，从而误认为您存在逾期。
二、应对措施建议
与金融机构沟通：
- 主动联系：首先，建议您主动联系金融机构的客服部门，说明您已经还清贷款但无法开具结清证明且被指存在逾期的情况。
- 提供证据：在沟通过程中，提供您还款的相关证据，如还款凭证、银行流水等，以证明您已经按时足额还款。
- 要求核实：要求金融机构核实您的还款记录，并更新系统信息，以确保您的信用记录准确无误。
申请信用报告查询：
- 如果与金融机构的沟通未能解决问题，您可以考虑向中国人民银行征信中心申请查询您的个人信用报告。信用报告将详细记录您的贷款、还款、逾期等信息，有助于您了解自己的信用状况。
- 核对信息：在收到信用报告后，仔细核对其中的信息是否准确。如果发现错误或遗漏，及时向征信中心提出异议申请，要求更正或补充相关信息。
寻求法律援助：
- 如果金融机构拒绝更正错误信息或给您造成了实际损失（如影响您申请其他贷款、信用卡等），您可以考虑寻求法律援助。
- 咨询律师：咨询专业律师（如我，车欣哲律师，专注于经济纠纷、合同纠纷领域），了解您的权益和可能的法律途径。律师将根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。
三、法律背景与后果
- 信用记录的重要性：信用记录是个人经济身份的重要证明，对申请贷款、信用卡、租房等经济活动具有重要影响。因此，保持信用记录的准确无误至关重要。
- 金融机构的责任：金融机构有义务准确记录并更新客户的还款信息，确保客户的信用记录准确无误。如果金融机构因疏忽或故意行为导致客户信用记录受损，应承担相应的法律责任。
- 法律后果：如果金融机构拒绝更正错误信息或给您造成了实际损失，您有权通过法律途径维护自己的权益。这可能包括起诉金融机构要求赔偿损失、要求更正信用记录等。
四、后续行动建议
- 持续跟进：在与金融机构沟通的过程中，保持耐心和持续跟进，确保问题得到妥善解决。
- 保留证据：妥善保留所有与还款、沟通相关的证据，以备不时之需。
- 关注信用记录：定期查询个人信用报告，关注自己的信用状况，及时发现并纠正可能存在的问题。
如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。