在合同中体现收取货物港务费，可以从以下几个核心要点进行明确约定，以确保双方权利义务清晰，避免后续纠纷：

1. 费用名称与性质明确
   在合同中应明确写明“货物港务费”这一费用名称，并简要说明其性质（如港口基础设施使用费、装卸作业配套费用等）。例如：“乙方需向甲方支付货物港务费，该费用为港口方因提供货物装卸、仓储等基础设施服务而收取的合理费用。”

2. 费用计算标准与方式
   需详细约定费用的计算依据，如按货物重量、体积、件数或货值比例计算，并明确费率标准（可附费率表或引用行业规范）。例如：“货物港务费按货物实际重量计算，费率为每吨XX元；或按货物体积计算，费率为每立方米XX元。”
   若费率可能调整，应约定调整条件（如政策变动、市场波动等）及通知方式。

3. 支付时间与节点
   明确费用支付的具体时间或触发条件，例如：“乙方应在货物装船前/卸船后XX个工作日内，将货物港务费支付至甲方指定账户。”
   若涉及分期支付，需分阶段约定支付比例及时间。

4. 发票与税务条款
   约定甲方开具合法发票的义务及时间，例如：“甲方应在收到费用后XX个工作日内，向乙方开具符合国家税务规定的增值税专用发票。”
   同时可明确税费承担方（如“本合同项下货物港务费为含税价，税费由甲方承担”）。

5. 违约责任与争议解决
   若一方未按约定支付或收取费用，应约定违约责任（如滞纳金、赔偿损失等）。例如：“乙方逾期支付的，每逾期一日，应按未付金额的XX%支付滞纳金。”
   争议解决方式可约定为仲裁或诉讼，并明确管辖地。

示例条款：
“货物港务费：乙方同意按货物实际重量（或体积/件数）向甲方支付货物港务费，费率为每吨XX元（或每立方米XX元）。乙方应于货物装船前XX日内将费用支付至甲方指定账户，甲方应在收款后XX日内开具合法发票。若乙方逾期支付，每逾期一日应按未付金额的XX%支付滞纳金。”

注意事项：

• 若货物港务费涉及第三方（如港口方），需明确甲方与第三方的费用结算关系，避免乙方被重复收费。
  
• 合同条款应符合《民法典》《港口收费计费办法》等法律法规，避免约定无效条款。
  

如有具体合同类型或行业场景（如国际贸易、内河运输等），可进一步细化条款设计。如有疑问，欢迎随时向我咨询。