保函盖合同专用章在符合一定条件下是具有法律保护的。以下从多个角度为你详细分析：
一、合同专用章的法律效力
合同专用章是专门用于签订合同的印章，在合同签订过程中，它代表了公司的意志，具有法律效力。根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。因此，只要保函的内容合法、双方意思表示真实，且加盖了合同专用章，该保函就应当受到法律保护。
二、保函盖合同专用章的具体情形
保函内容合法：保函的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗或损害国家、社会公共利益。如果保函内容违法，那么即使加盖了合同专用章，也可能被认定为无效。
双方意思表示真实：保函的签订必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订保函时受到欺诈或胁迫，那么该保函可能被撤销或认定为无效。
加盖合同专用章：在保函上加盖合同专用章，是公司对保函内容的确认和承诺。只要该印章是真实有效的，且加盖过程符合公司规定，那么该保函就应当受到法律保护。
三、可能存在的风险及防范
印章管理风险：如果公司的合同专用章管理不善，可能导致印章被滥用或盗用。因此，公司应当建立健全印章管理制度，确保印章的安全和合法使用。
保函内容审查风险：在签订保函前，公司应当对保函内容进行仔细审查，确保保函内容合法、合规，并符合公司的利益。如果保函内容存在瑕疵或风险，公司应当及时与对方协商修改或拒绝签订。
法律纠纷处理风险：如果因保函签订或履行过程中发生法律纠纷，公司应当及时寻求法律帮助，通过合法途径维护自己的权益。在处理法律纠纷时，公司应当保留好相关证据，如保函原件、签订过程中的沟通记录等。
四、建议
为了确保保函的法律效力，公司在签订保函时应当注意以下几点：
确保印章真实有效：使用真实有效的合同专用章，并确保加盖过程符合公司规定。
仔细审查保函内容：对保函内容进行仔细审查，确保保函内容合法、合规，并符合公司的利益。
保留好相关证据：在签订和履行保函过程中，保留好相关证据，以备不时之需。
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