核心结论：具体按哪份离职申请执行，需根据两份申请的内容、提交时间、公司接收情况等因素综合判断，以下分情况说明：
若两份申请内容一致，仅提交时间不同
以公司实际收到并确认的最后一份申请为准。根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前30日（试用期3日）书面通知用人单位即可解除合同，但“通知”的生效时间以用人单位实际知悉为准。若公司已明确收到第二份申请（如签字确认、系统记录等），则第二份申请的时间将覆盖第一份。
若两份申请内容矛盾（如离职日期不同）
- 若公司已明确接受其中一份（如书面回复、邮件确认等），则以公司接受的版本为准。例如，您第一份申请写“30天后离职”，第二份写“15天后离职”，若公司回复“同意15天后离职”，则按第二份执行。
- 若公司未明确表态，需结合实际行为判断。若您已按第二份申请的日期停止工作、交接，且公司未提出异议，可能被认定为双方通过行为达成一致，按第二份执行；反之，若公司仍按第一份申请的日期安排工作交接，则可能按第一份执行。
若两份申请均未被公司接收
需以最后提交的申请为准，但您需承担举证责任（如提交时间戳、快递记录等）。若无法证明提交顺序，可能引发争议，此时建议补充提交书面申请并留存证据（如邮件、短信、录音等），明确离职意愿及日期。
风险提示与建议：
- 离职申请是单方法律行为，但解除合同的通知需到达对方才生效。建议通过可留痕的方式（如EMS邮寄、公司系统提交、邮件发送等）提交申请，并保留寄送凭证或系统记录。
- 若两份申请差异较大（如离职原因涉及经济补偿争议），需谨慎处理。例如，第一份写“个人原因离职”（无补偿），第二份写“公司未缴社保被迫离职”（有补偿），此时公司可能主张按第一份执行，您需提供证据证明第二份申请的合理性（如社保缴纳记录、沟通记录等）。
- 若公司拒绝按您期望的申请执行，可先协商；协商不成，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张按有效申请解除合同。
如有具体申请内容或公司反馈细节，可进一步向我说明，我会帮您分析风险点。