结论：浦东机场南进出场路地道施工路段限速40公里/小时的设定，从法律层面分析，是依法且合理的。以下结合新闻背景及法律规定进行详细分析：

一、限速设定的法律依据

1. 《中华人民共和国道路交通安全法》：该法第四十二条规定，机动车上道路行驶，不得超过限速标志标明的最高时速。在没有限速标志的路段，应当保持安全车速。夜间行驶或者在容易发生危险的路段行驶，以及遇有沙尘、冰雹、雨、雪、雾、结冰等气象条件时，应当降低行驶速度。在施工路段，由于道路条件可能发生变化，存在安全隐患，因此设定限速是符合法律规定的。

2. 《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》：该条例第四十五条规定，机动车在道路上行驶不得超过限速标志、标线标明的速度。在没有限速标志、标线的道路上，机动车不得超过下列最高行驶速度：（一）没有道路中心线的道路，城市道路为每小时30公里，公路为每小时40公里；（二）同方向只有1条机动车道的道路，城市道路为每小时50公里，公路为每小时70公里。虽然此条款未直接涉及施工路段，但施工路段通常会被视为需要特别谨慎驾驶的路段，因此设定低于正常路段的限速是合理的。

二、结合新闻背景的分析

新闻背景中提到，浦东机场南进出场路地道（西线新建段）全长1.63公里，为全封闭地下城市快速路，全路段限速每小时60公里。然而，因南进出场路地道（东线新建段）及S32两港大道立交尚在施工过程中，施工路段限速每小时40公里。这一设定显然考虑了施工路段可能存在的安全隐患，如道路线形变化、施工设备占用道路、施工人员活动等，这些因素都可能影响驾驶安全。因此，设定较低的限速是为了保障施工期间的道路交通安全。

三、限速设定的合理性

1. 保障施工安全：施工路段往往存在各种不确定因素，如临时障碍物、施工机械进出等，这些因素都可能对驾驶安全构成威胁。设定限速可以降低车辆行驶速度，从而减少事故发生的可能性。

2. 维护交通秩序：在施工路段设定限速，有助于引导驾驶人按照规定的速度行驶，避免因速度过快而引发的交通拥堵或事故。

3. 符合交通管理原则：交通管理的基本原则之一是保障道路交通安全和畅通。在施工路段设定限速，是交通管理部门根据道路实际情况和交通安全需要作出的合理决策。

四、对公众的启示

对于广大驾驶人而言，在行驶至施工路段时，应特别注意观察道路沿线的交通标识指示，按照限速要求谨慎驾驶。同时，也应理解并配合交通管理部门的决策，共同维护道路交通安全和畅通。

综上所述，浦东机场南进出场路地道施工路段限速40公里/小时的设定是依法且合理的。如有其他法律疑问，可直接向我咨询。