结论：同一侵权行为既侵犯商标专用权又侵犯版权时，可以在同一案件中主张侵权赔偿，也可以选择分开主张，具体取决于案件的具体情况和权利人的策略选择。以下从不同角度进行分析：
一、法律基础与可行性
法律基础：
- 商标专用权和版权是两种独立的民事权利，分别由《商标法》和《著作权法》保护。当同一行为同时侵犯这两种权利时，构成双重侵权。
- 根据《民法典》的相关规定，因同一侵权行为造成多个损害后果的，权利人有权要求侵权人承担相应的民事责任，包括赔偿损失。
可行性：
- 在同一案件中主张双重侵权赔偿是可行的。权利人可以在起诉时同时主张商标侵权和版权侵权，要求法院一并审理并作出判决。
- 法院在审理时，会分别审查商标侵权和版权侵权的构成要件，并根据证据情况确定侵权责任和赔偿数额。
二、分开主张与合并主张的利弊
分开主张：
- 利：分开主张可以更加专注于每一项权利的侵权情况，有利于深入调查和收集证据，可能更有利于维护每一项权利的合法权益。
- 弊：分开主张会增加诉讼成本和时间成本，因为需要分别进行两次诉讼。同时，如果两次诉讼的判决结果存在差异，可能会给权利人带来不必要的困扰。
合并主张：
- 利：合并主张可以节省诉讼成本和时间成本，因为只需要进行一次诉讼即可解决双重侵权问题。同时，合并主张有利于法院全面审查侵权行为，确保判决结果的一致性和公正性。
- 弊：合并主张可能要求权利人在准备证据和陈述案情时更加全面和细致，以同时满足商标侵权和版权侵权的构成要件。
三、实际操作建议
评估侵权情况：
- 权利人应首先评估侵权行为的严重程度、侵权范围以及可能造成的损失情况。如果侵权行为同时涉及商标和版权，且损失较大，建议考虑合并主张以节省成本和时间。
收集证据：
- 权利人应积极收集与商标侵权和版权侵权相关的证据，包括侵权产品的实物、销售记录、广告宣传材料、版权登记证书等。这些证据将有助于证明侵权行为的存在以及侵权人的责任。
咨询专业律师：
- 在决定如何主张侵权赔偿时，权利人应咨询专业律师的意见。律师可以根据案件的具体情况和权利人的需求，提供针对性的法律建议和策略选择。
考虑诉讼策略：
- 权利人应根据案件的具体情况和诉讼目标，制定合适的诉讼策略。如果希望尽快解决纠纷并获得赔偿，合并主张可能是一个更好的选择。如果希望更加深入地维护每一项权利的合法权益，分开主张可能更为合适。
示例说明：假设某公司发现其商标和版权均被另一公司侵犯，且侵权产品已在市场上广泛销售。在此情况下，该公司可以选择在同一案件中同时主张商标侵权和版权侵权，要求法院判决侵权人停止侵权行为并赔偿损失。或者，该公司也可以选择先就商标侵权提起诉讼，待商标侵权案件解决后再就版权侵权提起诉讼。具体选择哪种方式，取决于该公司的诉讼策略和实际情况。
后续思考依据：在处理此类双重侵权案件时，权利人应充分考虑案件的具体情况、诉讼成本、时间成本以及诉讼目标等因素。同时，权利人应积极收集证据并咨询专业律师的意见，以确保自己的合法权益得到有效维护。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。