房款未付清时违约金的计算方式主要取决于合同约定，若合同无明确约定，则需根据法律规定及实际情况综合判断。具体分析如下：

1. 合同有明确约定时
   若购房合同中已明确约定了违约金计算方式（如按未付房款的日万分之五计算），则双方应按合同约定执行。此时需注意：

   • 违约金不得过分高于实际损失（通常不超过损失的30%），否则违约方可请求法院或仲裁机构调整；
     
   • 若合同约定违约金过低，守约方也可主张按实际损失赔偿（如资金占用利息、房屋差价损失等）。

2. 合同无明确约定时
   若合同未约定违约金或约定不明，则根据《民法典》相关规定处理：

   • 逾期付款损失：守约方可主张以未付房款为基数，按全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率（LPR）的1.3-1.5倍计算资金占用利息；
     
   • 实际损失：若因违约导致房屋无法及时转售等额外损失，可一并主张赔偿，但需提供充分证据（如评估报告、交易记录等）。

3. 特殊情形处理

   • 分期付款合同：若合同约定分期付款且买方未支付到期价款达到全部价款五分之一的，卖方可依据《民法典》第634条要求支付全部价款或解除合同，并主张违约金或损失赔偿；
     
   • 开发商逾期交房：若问题涉及开发商逾期交房导致买方拒付房款，需区分违约责任主体，可能涉及双方违约或抗辩权的行使。

建议：

• 立即核查购房合同中关于违约金、付款期限、解除权等条款；
  
• 保留所有付款凭证、沟通记录等证据；
  
• 若协商无果，可委托律师发送律师函或直接起诉，但需注意诉讼时效（通常为3年）。
  

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我说明，我会为您分析违约责任范围及诉讼策略。