在解答您关于个体工商户签三方协议是签个人还是签公司的问题时，我们首先要明确的是，这主要取决于个体工商户在签约时使用的是个人账户还是对公账户。

如果个体工商户选择使用个人账户进行签约：

那么在这种情况下，个体工商户的签约流程将比照自然人纳税人的签约流程进行。也就是说，您需要准备一式三份的协议书（由税务机关打印，其中一份由主管税务机关盖章），并在乙方纳税人自然人（签字）处签字。同时，您还需要提供有效身份证件以及签约的借记卡或活期存折。这种情况下，您是以个人的名义进行签约，因此签字处应填写您个人的名字。

如果个体工商户选择使用对公账户进行签约：

那么在这种情况下，个体工商户的签约流程将比照其他纳税人的签约流程进行。您需要准备一式三份的协议书（同样由税务机关打印，其中一份由主管税务机关盖章），并在乙方纳税人单位盖章处加盖公章，同时在法定代表人（签章）处签字。此外，您还需要提供税务登记证件（如《税务登记证》副本或“三证合一”法人登记证照）以及银行开户许可证。这种情况下，您是以个体工商户的名义进行签约，因此需要加盖公章并由法定代表人签字。

总结：

• 使用个人账户签约：比照自然人纳税人，签字处填写个人名字。
• 使用对公账户签约：比照其他纳税人，加盖公章并由法定代表人签字。

希望这个解答能够帮助您清晰地理解个体工商户在签三方协议时应该如何选择签约主体以及相应的签约流程。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。