协商还款后正常还款不计入账单，这种情况通常是不正常的，可能涉及合同履行、系统操作或银行政策等多方面问题。以下从几个可能的角度为你详细分析：

1. 合同或协议条款问题
   在协商还款时，双方通常会签订书面协议（如还款计划书、债务重组协议等），明确约定还款金额、期限、方式及账单生成规则。如果协议中明确约定“正常还款应计入账单”，但实际未计入，可能是银行或债权人未严格履行协议。此时需核对协议条款，确认是否存在遗漏或歧义。若协议无明确约定，则需结合行业惯例或法律规定判断。

2. 系统操作或技术故障
   银行或债权人的还款系统可能因技术故障（如系统升级、数据同步延迟）导致还款记录未及时更新。这种情况下，还款虽已实际完成，但账单未显示。建议通过银行客服、网银或APP查询还款明细，或要求对方提供还款入账凭证（如流水截图、回单等），以确认还款是否到账。

3. 银行政策或内部流程问题
   部分银行在协商还款后，可能对账单生成规则有特殊安排（如暂不生成账单、合并记录等），但未明确告知债务人。例如，为减轻债务人压力，银行可能选择在协商还款期间暂停出具账单，但实际仍会记录还款。此时需联系银行确认政策，并要求书面说明，避免因信息不对称导致逾期。

4. 还款方式或渠道问题
   若还款通过第三方平台（如支付宝、微信）或非指定渠道进行，可能因渠道与银行系统未对接导致还款未计入账单。例如，使用非绑定银行卡还款时，资金可能需人工核对后入账。建议优先通过银行官方渠道（如柜台、ATM、网银）还款，并保留还款凭证。

建议行动步骤：

1. 核对协议与账单：首先检查协商还款协议中关于账单生成的条款，再对比实际账单与还款记录，确认是否存在差异。
   
2. 联系银行或债权人：通过官方客服或书面函件（如邮件、信函）要求对方说明还款未计入账单的原因，并要求提供还款入账凭证。
   
3. 保留证据：保存所有还款凭证（如转账记录、回单、短信通知等），以备后续争议时使用。
   
4. 法律救济：若银行或债权人拒绝履行协议或存在过错，可依据《民法典》合同编相关规定，要求其承担违约责任（如赔偿损失、继续履行等）。

如有进一步疑问或需具体法律指导，可直接向我咨询，我会结合你的实际情况提供详细建议。