结论：车主是否需要自己承担赔偿责任，需分情况讨论，关键在于协议的效力、是否通知保险公司以及协议内容是否合法合理。以下是具体分析：

1. 若协议有效且保险公司参与或认可
   如果双方协商的责任分担比例合理（例如符合交警认定的责任范围），且协议签订时已通知保险公司（或保险公司明确表示认可），则保险公司应按协议赔偿。此时若保险公司拒赔，车主无需自行承担，但需通过法律途径（如诉讼或仲裁）强制保险公司履行义务。车主可保留协议、沟通记录等证据，向银保监会投诉或直接起诉保险公司。

2. 若协议无效或保险公司未参与

   • 协议内容违法：例如双方通过“私了”协议完全免除车主责任，但实际车主应承担主要责任，此类协议可能因违反《民法典》第154条（恶意串通损害他人权益）或第506条（免责条款无效）被认定无效。此时保险公司有权按实际责任比例赔付，不足部分可能需车主自行承担。
     
   • 未通知保险公司：根据《保险法》第21条，被保险人（车主）在事故发生后应及时通知保险公司。若未通知，保险公司可能以“未履行告知义务”为由拒赔，此时车主需自行承担赔偿后，再向保险公司追偿（但难度较大）。
     
   • 协议超出保险范围：例如车主与伤者约定赔偿金额超过交强险和商业险的保额，超出部分需车主自行承担。

3. 车主的应对建议

   • 立即联系保险公司：要求保险公司说明拒赔理由，并提供协议、事故认定书等材料，要求重新核赔。
     
   • 核查协议合法性：确保协议未违反法律强制性规定（如免除法定责任、显失公平等），且双方签字盖章真实有效。
     
   • 保留证据：包括协商记录、转账凭证、伤者医疗记录等，以备后续维权。
     
   • 法律途径：若协商无果，可向法院起诉保险公司（要求履行赔付义务）或伤者（若协议被撤销后需重新划分责任）。

总结：车主是否需自担责任，取决于协议效力、保险公司参与程度及实际责任比例。建议优先与保险公司沟通，若无法解决，及时通过法律手段维护权益。如有进一步细节（如协议内容、保险公司拒赔理由等），可向我补充说明，我会为您具体分析。