法定休假日加班不能仅根据公司制度来安排，必须遵循国家法律法规的相关规定。以下从几个方面为你详细分析：
一、法定休假日加班的法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定明确了法定休假日加班的工资支付标准，是强制性的，公司制度不能与之相抵触。
二、公司制度与法定规定的冲突
公司制度不能违反法律法规：公司制度是公司内部的管理规范，但它必须建立在遵守国家法律法规的基础之上。如果公司制度中关于法定休假日加班的规定与《劳动法》等法律法规相冲突，那么该制度条款是无效的，不能作为安排加班或支付加班费的依据。
劳动者有权拒绝违法加班：如果公司试图依据违反法律法规的公司制度安排劳动者在法定休假日加班，劳动者有权拒绝，并且这种拒绝行为是合法的，不会受到公司的处罚或解雇等不利对待。
三、实际操作中的建议
了解并维护自身权益：作为劳动者，你应该了解自己的权益，包括法定休假日加班的工资支付标准等。如果公司试图违反这些规定，你应该及时提出异议，并寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
与公司协商：如果公司确实需要在法定休假日安排加班，应该与你进行协商，并按照法律法规的规定支付加班费。你可以与公司就加班的具体安排、加班费的支付方式等事项进行协商，以达成双方都能接受的解决方案。
保留证据：如果公司违反法律法规安排加班或未支付加班费，你应该保留相关证据，如加班记录、工资单等，以便在需要时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
四、可能的法律后果
如果公司违反法律法规安排法定休假日加班或未支付加班费，可能会面临以下法律后果：
劳动监察部门的处罚：劳动监察部门有权对公司进行监督检查，如果发现公司存在违法行为，可以责令公司改正，并可能对公司处以罚款等行政处罚。
劳动者的索赔：劳动者有权向公司索赔因违法加班或未支付加班费而造成的损失，包括加班费、经济补偿金等。
声誉损害：公司的违法行为还可能对其声誉造成损害，影响公司的业务发展和市场竞争力。
总结来说，法定休假日加班不能仅根据公司制度来安排，必须遵循国家法律法规的相关规定。作为劳动者，你应该了解自己的权益，并在必要时采取措施维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。