针对厂房未经验收擅自投入使用的处罚依据及认定标准，结论如下：
处罚依据：
- 《中华人民共和国建筑法》第六十一条：明确规定建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。若违反此规定，根据《建筑法》的相关条款，建设单位可能会面临责令改正、罚款等行政处罚。具体罚款数额会根据违法情节的严重程度、造成的后果等因素由行政机关裁量决定。
- 《建设工程质量管理条例》第五十八条：进一步细化了对未经验收擅自使用的处罚措施，包括责令停止使用，重新组织验收，并处工程合同价款一定比例的罚款（通常为2%以上4%以下）。这一条例为行政机关提供了更具体的执法依据。
认定标准：
- 验收程序未完成：厂房建设完成后，必须按照相关规定完成包括规划、消防、环保等多方面的验收程序。若任何一项验收未通过或未进行，即视为未经验收。
- 擅自投入使用：在未获得所有必要验收合格证明的情况下，建设单位或使用单位将厂房用于生产、经营或其他活动，即构成擅自投入使用。这一行为不依赖于厂房是否实际产生了经济效益或是否造成了实际损害，只要存在未经批准的使用行为，即可认定。
法律后果与建议：
- 法律后果：除了上述行政处罚外，若因未经验收擅自使用导致安全事故或环境污染等严重后果，建设单位还可能面临刑事责任追究，如重大责任事故罪、污染环境罪等。同时，受害方也有权要求建设单位承担民事赔偿责任。
- 建议：对于建设单位而言，应严格遵守相关法律法规，确保厂房在通过所有必要验收后再投入使用。若已存在未经验收擅自使用的情况，应立即停止使用，并尽快组织补验，以减轻可能的法律后果。同时，建议咨询专业律师，了解具体法律责任和应对策略，确保合规运营。
总结：厂房未经验收擅自投入使用是严重的违法行为，不仅可能面临行政处罚，还可能承担刑事责任和民事赔偿责任。建设单位应严格遵守相关法律法规，确保厂房合法合规使用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。