结论：客车在凌晨两点到五点通行高速公路，一般情况下是会被处罚的，但部分特定车辆和线路可豁免此限制。

详细分析：

1. 普遍规定与处罚措施：

   • 根据交通法规及《道路旅客运输企业安全管理规范》的相关规定，长途客运车辆（大客车）在凌晨2点到5点之间禁止在高速公路上行驶。这一时段是驾驶员容易出现疲劳、困倦的时段，继续行驶会大幅增加事故风险。
   • 对于违反此规定的客车，交通管理部门将依据相关法律法规进行严厉处理。具体处罚措施包括罚款（通常20元以上200元以下，部分地方明确为100元）、记分（一般扣3分），以及可能的停运整改等。

2. 特殊豁免情况：

   • 部分执行应急、抢险等特殊任务的客运车辆，经相关部门批准后，可以不受上述禁行时间的限制。
   • 某些特定线路，如机场、高铁快线以及单程运营里程在100公里以内的短途驳载车辆，在确认安全无虞的前提下，也可豁免此时间段的行驶限制。但这类豁免通常需要满足一定的条件，并经过相关部门的批准或确认。

3. 其他类型客车规定：

   • 对于七座以下的小型客车或九座以下的小型微型客车，目前没有明确的凌晨时段禁行规定。然而，具体行驶规定可能因地区和时间（如节假日、特殊天气条件等）的不同而有所调整。因此，这类车辆的驾驶员在行驶前也应了解当地的具体规定。

4. 地方差异与建议：

   • 各地在具体执行细节和规定范围上可能存在一定差异。因此，在计划行驶前，驾驶员应密切关注当地交通运输部门及高速公路管理机构的相关通知和要求，确保对当地的行驶规定有充分的了解。
   • 为了避免不必要的法律后果和安全隐患，建议客车驾驶员和客运企业严格遵守相关交通法规，合理规划行程，确保驾驶员的休息与驾驶时间符合规定。

总结与建议：

客车在凌晨两点到五点通行高速公路，一般情况下是会被处罚的，但部分特定车辆和线路可豁免此限制。为了确保行车安全和合规，驾驶员应提前了解并遵守当地的具体规定。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供更准确的解答和指导。