针对您的情况，首先明确结论：您有权要求甲方支付工程款，但需通过合法途径证明工程质量无问题或问题非您方责任，进而追讨损失。以下是具体分析和建议：
合同审查与证据收集
- 合同条款：首先，仔细审查您与甲方签订的工程合同，特别是关于工程质量标准、验收程序、付款条件及违约责任等条款。这些条款是判断双方权利义务的基础。
- 证据收集：收集所有与工程相关的证据，包括但不限于施工图纸、施工日志、质量检测报告、验收记录、往来函件、会议纪要等。这些证据将有助于证明您已按照合同要求施工，且工程质量符合标准。
质量问题的责任认定
- 专业鉴定：若甲方坚持认为存在质量问题，您可提议或要求共同委托第三方专业机构进行质量鉴定。鉴定结果将作为判断责任归属的重要依据。
- 责任划分：根据鉴定结果，若质量问题确由您方施工不当造成，您需承担相应修复费用及可能的其他责任；若质量问题非您方责任，或属于设计缺陷、材料问题等，则甲方无权以此为由拒绝付款。
法律途径解决纠纷
- 协商调解：在证据充分的基础上，尝试与甲方进行协商，寻求和解或调解方案，以尽快解决纠纷，减少损失。
- 诉讼或仲裁：若协商无果，您可根据合同中的争议解决条款，向法院提起诉讼或向约定的仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，您需充分展示证据，证明甲方拒绝付款的行为构成违约，并要求甲方支付工程款及赔偿因此造成的损失（包括您已提及的60多万元损失）。
损失计算与赔偿
- 直接损失：包括您已投入的工程成本、材料费用、人工费用等直接因工程产生的支出。
- 间接损失：如因甲方违约导致的工期延误、额外融资成本、预期利润损失等。在计算损失时，需确保损失与甲方违约行为之间存在直接因果关系，并尽可能提供充分证据支持。
- 计算公式示例（假设仅计算直接损失中的部分项目）：
- 工程成本损失 = 已投入材料费用 + 已支付人工费用 + 其他直接支出
- （具体数值需根据实际情况填写）
注意事项
- 时效性：注意诉讼时效问题，一般民事纠纷的诉讼时效为三年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
- 专业协助：鉴于工程款纠纷的复杂性，建议您在处理过程中寻求专业律师的协助，以确保您的权益得到充分保护。
最后，建议您尽快采取行动，收集并整理相关证据，与甲方进行沟通协商，或寻求法律途径解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。