结论：在主张赔偿协议因重大误解而撤销，但协议原件丢失的情况下，您仍然可以采取一系列措施来维护自己的权益，不过可能会面临一些挑战。以下是从不同角度为您详细分析的情况及建议：
一、法律背景与依据
重大误解的定义：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因重大误解订立的合同，一方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。重大误解通常指的是行为人因对行为的性质、对方当事人、标的物的品种、质量、规格和数量等的错误认识，使行为的后果与自己的意思相悖，并造成较大损失的情形。
协议原件的作用：
- 协议原件是证明合同关系存在及合同内容的重要证据。然而，在法律程序中，并非只有原件才能作为证据，复印件、电子数据、证人证言等在一定条件下也可以作为辅助证据。
二、协议原件丢失后的应对措施
寻找其他证据：
- 复印件或电子数据：如果您保留有协议的复印件或电子数据（如扫描件、照片等），这些可以作为证明合同关系的初步证据。
- 证人证言：如果签订协议时有第三方在场，他们的证言也可以作为辅助证据。
- 履行证据：如转账记录、收货单等，可以证明合同已经实际履行，从而间接证明合同关系的存在。
向法院或仲裁机构申请撤销：
- 在提起撤销之诉或仲裁申请时，您需要详细阐述重大误解的事实和理由，并提供上述其他证据来支持您的主张。
- 法院或仲裁机构会根据您提供的证据和对方的抗辩情况，综合判断是否存在重大误解，并作出相应的裁决。
注意诉讼时效：
- 根据法律规定，因重大误解订立的合同，当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起九十日内没有行使撤销权的，撤销权消灭。因此，您需要尽快采取行动，以免错过诉讼时效。
三、可能面临的挑战与应对策略
证据不足的风险：
- 如果无法提供足够的证据来证明重大误解的存在，您的撤销请求可能会被驳回。因此，在提起诉讼或仲裁前，务必尽可能收集全面的证据。
对方的抗辩：
- 对方可能会否认存在重大误解，或者提出其他抗辩理由（如已履行合同义务、您已放弃撤销权等）。您需要针对对方的抗辩准备充分的反驳证据和理由。
四、建议与总结
及时咨询专业律师：
- 在处理此类复杂法律问题时，建议您及时咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律建议和指导。虽然我无法直接为您提供联系方式，但您可以直接向我咨询相关法律问题。
积极收集证据：
- 尽快收集与协议相关的所有证据，包括复印件、电子数据、证人证言等，以支持您的撤销请求。
关注诉讼时效：
- 密切关注诉讼时效的限制，确保在法定期限内行使撤销权。
总结：虽然协议原件的丢失可能会给您主张撤销赔偿协议带来一定的困难，但通过积极收集其他证据、及时咨询专业律师并关注诉讼时效等措施，您仍然有可能成功维护自己的权益。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。