结论：车辆违规闯禁区发生事故，保险公司是否赔付需分情况讨论，主要取决于保险条款约定及事故责任认定，但存在部分免赔或拒赔的可能性。

1. 交强险的赔付范围
   根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，交强险的赔付以“无过错责任”为原则，即只要被保险车辆在事故中有责任（无论全责、主责或次责），保险公司均需在限额内赔付第三方人身伤亡和财产损失。

   • 例外情形：若驾驶员存在“故意制造事故”“醉酒驾驶”“无证驾驶”等法定免责事由，交强险仅垫付抢救费用且有权追偿，对财产损失则直接拒赔。
     
   • 违规闯禁区的性质：单纯违反禁令标志（如单双号限行、区域限行）通常不属于交强险免责范围，保险公司仍需赔付第三方损失。

2. 商业险的赔付规则
   商业险（如车损险、第三者责任险）的赔付以“过错责任”为原则，且需严格遵循保险合同条款。

   • 免责条款的效力：若保险合同中明确约定“被保险机动车违反安全装载规定、政府有关部门的禁止性命令或标志”为免责事由，且保险公司已履行提示和说明义务（如加粗字体、投保人签字确认），则保险公司可据此拒赔。
     
   • 司法实践倾向：法院在审理此类案件时，会重点审查保险公司是否对免责条款尽到明确说明义务。若未履行，条款可能被认定无效，保险公司仍需赔付。
     
   • 例外情形：若违规行为与事故发生无直接因果关系（如闯禁区但未超速、未逆行，事故由对方全责导致），保险公司可能仍需赔付。

3. 实务建议

   • 立即报案：发生事故后，第一时间联系保险公司并报警，固定现场证据（如照片、视频、交警认定书）。
     
   • 审核条款：仔细查阅保险合同中的“责任免除”部分，确认是否存在相关免责条款。
     
   • 协商或诉讼：若保险公司拒赔，可先通过协商解决；协商无果的，可向法院起诉，由法院根据条款效力、因果关系等综合判定赔付责任。

总结：违规闯禁区本身不必然导致保险公司拒赔，但需结合保险类型、条款约定及事故责任综合判断。建议保留完整证据链，必要时通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。