结论前置：

1. 客运包车线路两端均不在车籍所在地，这一行为本身是违法的，将面临县级以上道路运输管理机构的处罚，具体为责令改正，并处1000元以上3000元以下的罚款；情节严重的，还可能被原许可机关吊销《道路运输经营许可证》或者吊销相应的经营范围。

详细分析：

一、法律依据

根据《道路旅客运输及客运站管理规定》的相关规定，客运包车必须严格按照约定的时间、起始地、目的地和线路运行，并需持有有效的包车客运标志牌及包车票或包车合同。该规定明确禁止了客运包车线路两端均不在车籍所在地的行为，这是为了维护道路运输市场的秩序，保障旅客的合法权益。

二、违法行为的认定

客运包车线路两端均不在车籍所在地，这一行为之所以被认定为违法，主要是因为它可能引发一系列的问题，如：

• 扰乱市场秩序：这种行为可能破坏正常的客运市场秩序，使得其他合法经营的客运企业受到不公平的竞争。
• 安全隐患：线路两端均不在车籍所在地，可能意味着车辆需要长途奔波，增加了驾驶员的疲劳程度，从而提高了发生交通事故的风险。
• 旅客权益受损：如果客运包车不按约定路线行驶，可能会导致旅客行程延误、增加费用等，损害旅客的合法权益。

三、处罚措施

对于客运包车线路两端均不在车籍所在地的违法行为，县级以上道路运输管理机构将责令改正，并处1000元以上3000元以下的罚款。如果情节严重，如多次违规、造成严重后果等，原许可机关还有权吊销其《道路运输经营许可证》或者吊销相应的经营范围。

四、实际案例与考量因素

在实际执法过程中，交通运输主管部门或道路运输管理机构在确定具体罚款金额时，会综合考虑多种因素，如违规行为的性质、情节和危害程度，客运包车偏离约定路线的距离和时间，是否对旅客造成了实际影响等。例如，如果客运包车仅轻微偏离约定路线，且未造成严重后果，可能会处以接近1000元的较低罚款；而如果偏离路线导致旅客行程严重延误，或引发了旅客集体投诉等严重后果，则可能会处以接近3000元或直接处3000元的上限罚款。

五、法律建议

对于客运经营者而言，为了避免法律风险，确保合法经营，建议：

• 加强内部管理：确保客运包车严格按照约定的路线和时间运行，不擅自改变线路或停靠站点。
• 定期培训驾驶员：提高驾驶员的法律意识和安全意识，确保他们了解并遵守相关规定。
• 建立健全应急预案：及时应对可能出现的突发情况，如车辆故障、交通事故等，确保旅客的安全和权益。

后续思考依据：

如果你作为客运经营者或旅客，遇到了客运包车线路两端均不在车籍所在地的情况，你可以根据上述法律依据和处罚措施来维护自己的权益。如果你对具体的法律条款或处罚措施有疑问，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。