若企业不配合行政机关的调查，行政机关有权依法采取一系列措施来确保调查的顺利进行和行政管理的有效实施。具体来说，这些措施可能包括但不限于以下几点：

1. 责令改正或配合调查：

   • 行政机关首先会要求企业改正其不配合的行为，或者明确要求企业配合调查。这是行政机关在行使职权时的一种常见且初步的措施，旨在通过沟通、协商等方式促使企业主动履行义务。

2. 行政处罚：

   • 如果企业拒不改正或继续不配合调查，行政机关有权根据相关法律法规对企业进行行政处罚。这些处罚可能包括罚款、没收违法所得、责令停产停业、吊销许可证或执照等。行政处罚的种类和幅度会根据企业的违法行为性质、情节以及社会危害程度等因素来确定。

3. 强制措施：

   • 在特定情况下，行政机关还可以采取强制措施来确保调查的顺利进行。例如，行政机关可以对企业进行查封、扣押等，以防止企业转移、隐匿或销毁与调查有关的证据。这些强制措施的实施需要严格遵守法定程序，并确保企业的合法权益不受侵害。

4. 申请法院强制执行：

   • 如果企业仍然拒不履行行政机关的决定或命令，行政机关还可以依法向人民法院申请强制执行。法院在审查后，如果认为行政机关的决定或命令合法有效，将会裁定强制执行，并采取相应的措施来确保决定的执行。

5. 刑事责任追究：

   • 在极端情况下，如果企业的行为构成犯罪（如妨害公务罪等），行政机关还会将案件移送司法机关，依法追究企业的刑事责任。这将对企业的声誉和经营产生极其严重的负面影响。

建议：企业应积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关资料和信息，遵守法律法规和行政机关的决定或命令。如果企业对调查有异议或认为行政机关的决定或命令存在错误，可以通过合法途径提出申诉或行政复议，而不是采取不配合或抗拒的态度。