在行政协议案件中，如果第三人认为其利益受到了影响，确实可以提起行政诉讼或参与行政诉讼，但具体情形需根据其与被诉行政行为或案件处理结果的利害关系来判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、第三人提起行政诉讼或参与行政诉讼的法律依据

根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十九条的规定：“公民、法人或者其他组织同被诉行政行为有利害关系但没有提起诉讼，或者同案件处理结果有利害关系的，可以作为第三人申请参加诉讼，或者由人民法院通知参加诉讼。人民法院判决第三人承担义务或者减损第三人权益的，第三人有权依法提起上诉。”这一条款明确规定了第三人在行政诉讼中的地位和权利。

二、第三人提起行政诉讼或参与行政诉讼的情形

1. 同被诉行政行为有利害关系：

   • 当行政机关的某一行政行为直接影响了第三人的权利义务时，该第三人即与被诉行政行为存在利害关系。例如，在行政协议案件中，如果行政机关与一方签订的协议直接影响了第三方的土地使用权、经营权等合法权益，那么该第三方就有权作为第三人参与行政诉讼。

2. 同案件处理结果有利害关系：

   • 即使第三人与被诉行政行为本身没有直接关联，但如果案件的判决结果会对其权利义务产生影响，该第三人仍可与案件处理结果存在利害关系。例如，在行政协议纠纷中，如果协议的履行或解除可能影响到第三方的利益（如相邻权、公共利益等），那么该第三方也有权作为第三人参与行政诉讼。

三、第三人提起行政诉讼或参与行政诉讼的方式

• 主动申请：第三人可以主动向受理行政诉讼的人民法院提出申请，要求作为第三人参加诉讼。法院在审查申请后，如果认为符合条件，会准许其参加诉讼。
• 法院通知：在审理过程中，法院如果发现存在符合条件的第三人，也会主动通知其参加诉讼。第三人接到通知后，无正当理由不得拒绝参加，否则不影响案件的继续审理。

四、第三人在行政诉讼中的权利与地位

• 独立诉讼地位：行政诉讼中的第三人具有独立的诉讼地位，不受原告或被告的制约。他们可以在诉讼中提出自己的诉讼主张和证据，以维护自身合法权益。
• 上诉权利：如果人民法院的一审判决涉及第三人的义务或减损了其权益，第三人有权依法提起上诉，以进一步寻求法律救济。

五、实际建议

• 密切关注诉讼进展：对于涉及多方利益的行政协议案件，相关主体应密切关注诉讼进展，及时了解案件动态和法院的通知。
• 及时行使诉讼权利：如果认为自身利益受到行政协议或行政诉讼的影响，应及时向法院提出申请或响应法院的通知，作为第三人参与诉讼，以维护自身合法权益。
• 寻求专业法律帮助：由于行政诉讼涉及复杂的法律程序和实体问题，建议相关主体在必要时寻求专业律师的帮助，以确保诉讼的顺利进行和合法权益的有效维护。

总结来说，在行政协议案件中，如果第三人认为其利益受到了影响，可以根据其与被诉行政行为或案件处理结果的利害关系，通过主动申请或法院通知的方式参与行政诉讼，并享有相应的诉讼权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。