违反保密协议所获收益通常需返还给权利人，并可能承担违约责任或侵权责任，具体处理方式需结合协议约定、行为性质及实际损失综合判断。以下是详细分析：

1. 收益返还义务
   根据《民法典》第504条及保密协议约定，若员工或合作方通过泄露商业秘密、技术秘密等获取非法收益（如兼职报酬、股权收益、技术转让费等），权利人有权要求其返还全部收益。例如：员工将公司客户名单出售给竞争对手获利，公司可主张返还该款项。
   关键点：需证明收益与违约行为存在直接因果关系，且收益属于“不当得利”范畴。

2. 违约责任承担
   若保密协议明确约定违约金条款（如“泄露秘密需支付合同总价20%的违约金”），权利人可依据《民法典》第585条主张违约金。但需注意：

   • 违约金过高时，违约方可请求法院调整（通常不超过实际损失的30%）；
     
   • 若协议未约定违约金，权利人需按实际损失（如研发成本、客户流失损失）索赔。
     示例：协议约定违约金50万元，但实际损失仅20万元，法院可能将违约金调减至20-30万元。

3. 侵权责任叠加
   若违反保密协议的行为同时构成侵犯商业秘密（如《反不正当竞争法》第9条），权利人可叠加主张：

   • 停止侵害（如销毁侵权资料、删除电子数据）；
     
   • 赔偿损失（按权利人因侵权所受损失或侵权人获利计算，二者取高）；
     
   • 惩罚性赔偿（若侵权人恶意且情节严重，可按实际损失1-5倍索赔）。
     典型场景：员工跳槽后携带技术秘密到新公司使用，原公司可同时起诉员工和新公司侵权。

4. 刑事责任风险
   若违反保密协议的行为涉及“侵犯商业秘密罪”（如造成权利人损失超50万元或侵权人违法所得超30万元），根据《刑法》第219条，可能面临：

   • 3年以下有期徒刑+罚金（基本刑）；
     
   • 情节特别严重时（如造成损失超250万元），处3-10年有期徒刑+罚金。
     注意：刑事立案需权利人向公安机关报案，且需达到“重大损失”标准。

实务建议：

• 对权利人：及时固定证据（如保密协议、收益凭证、侵权行为记录），优先通过律师函警告，协商不成再起诉；
  
• 对违约方：若已获利，建议主动与权利人和解返还收益，避免被追究刑事责任；若认为协议不公平，可主张条款无效（如显失公平、胁迫签订）。
  

如有具体案件细节（如收益金额、协议条款、行为方式等），可进一步向我咨询，我会结合证据链为您制定应对方案。