监察机关扣押的贪污罪赃款，依法应当予以追缴，并上缴国库。具体处理方式及法律依据如下：

1. 追缴程序
   根据《中华人民共和国监察法》第四十六条，监察机关对被调查人涉嫌贪污贿赂等职务犯罪的违法所得，应当依法予以没收、追缴或者责令退赔。扣押的赃款属于违法所得的，监察机关会通过调查取证、权属确认等程序，明确其性质及归属。若赃款涉及其他利害关系人（如共犯、善意第三人等），需通过听证、复核等程序保障其合法权益。

2. 上缴国库的依据与流程
   追缴的赃款经审查属实后，监察机关会将案件移送人民检察院审查起诉。根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。贪污罪中，若赃款未直接损害特定被害人权益（如贪污公共财产），则依法上缴国库。具体流程为：监察机关出具《涉案财物处理意见书》，随案移送至检察院；法院判决生效后，由法院执行部门将赃款上缴国库。

3. 特殊情形处理

   • 赃款混同个人财产：若贪污所得与个人合法财产混同，监察机关需通过审计、资产追踪等方式区分，仅追缴违法部分。
     
   • 赃款已转移或挥霍：若赃款被转移至他人名下或已消耗，监察机关可依法追缴等值财产（如房产、车辆等），或责令犯罪嫌疑人退赔。
     
   • 国际合作追缴：若赃款被转移至境外，监察机关可通过《联合国反腐败公约》等国际条约，请求外国协助追缴。

4. 监督与救济途径
   赃款处理全程接受检察机关法律监督，犯罪嫌疑人、被害人或其他利害关系人若对处理结果有异议，可依法向监察机关提出申诉，或通过刑事附带民事诉讼主张权利。

总结：贪污罪赃款的处理以“追缴上缴”为原则，兼顾合法财产保护与国际合作，程序严格依法进行。若您涉及具体案件或需进一步了解程序细节，可直接向我咨询。