结论：自助超过时间扣押金是否违法，需根据具体情况判断，主要看合同约定是否合法合理以及押金性质是否符合法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定且合法合理：
- 如果自助服务合同中明确约定了超过时间将扣除一定金额的押金，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么这种扣除押金的行为通常是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
合同约定不明确或违法：
- 如果合同中没有明确约定超过时间将扣除押金，或者约定的扣除方式、金额等违反了法律、行政法规的强制性规定，那么这种扣除押金的行为可能是违法的。
- 示例：如果合同中约定的扣除金额过高，超出了实际损失的范围，那么这种约定可能被视为无效，因为违反了公平原则和诚实信用原则。
二、押金性质角度
押金作为担保：
- 押金通常被视为一种担保方式，用于确保自助服务的使用者能够按照约定履行义务，如按时归还物品、支付费用等。
- 如果使用者违反了约定，导致自助服务提供者遭受了损失，那么自助服务提供者有权根据合同约定扣除相应的押金作为赔偿。
押金性质违法或不当：
- 如果押金被用于非法目的，或者自助服务提供者以押金为名收取不合理费用，那么这种行为可能是违法的。
- 示例：如果自助服务提供者以押金为名，实际上是在收取高额的“使用费”或“管理费”，并且这种费用没有合理的依据，那么这种行为可能构成欺诈或不当得利。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在签订自助服务合同时，务必仔细审查合同条款，特别是关于押金扣除的约定。确保合同条款明确、合法、合理。
保留相关证据：
- 在使用自助服务过程中，保留好相关证据，如合同、支付凭证、使用记录等。以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
及时沟通协商：
- 如果对押金扣除有异议，应及时与自助服务提供者沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
进一步思考：在实际操作中，自助服务提供者往往处于强势地位，而使用者则可能处于弱势地位。因此，在签订合同时，使用者应特别注意保护自己的权益，避免签订不公平、不合理的合同条款。如果遇到押金扣除等纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。