在我国法律框架下，离婚申请与法院起诉离婚是两个不同程序，不能同时进行，但可以分阶段衔接处理。具体分析如下：

1. 协议离婚与诉讼离婚的独立性
   根据《民法典》第1076条，协议离婚需双方自愿签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记，经过30日冷静期后领取离婚证。而诉讼离婚（法院起诉离婚）则依据《民法典》第1079条，需一方向法院提起诉讼，由法院判决是否准予离婚。两者是独立的法律程序，不存在“同时申请”的法律依据。

2. 程序衔接的合法路径

   • 先协议后诉讼：若双方已提交协议离婚申请但未完成登记（如冷静期内反悔），一方可随时向法院起诉离婚。此时协议离婚程序终止，转为诉讼程序。
     
   • 直接诉讼离婚：若双方无法达成协议，可直接向法院起诉，无需先申请协议离婚。法院会根据感情是否破裂等标准判决，无需经过冷静期。

3. 特殊情形处理

   • 涉外婚姻：若一方为外籍或定居国外，可能需通过诉讼程序解决，此时无需协议离婚前置。
     
   • 财产或子女抚养争议：即使协议离婚中已约定财产分割或子女抚养，若一方反悔，仍需通过诉讼变更或确认协议效力。

建议：若您已提交协议离婚申请但未完成登记，或对协议内容有争议，可立即准备诉讼材料（如结婚证、子女出生证明、财产凭证等）向法院起诉。若需进一步分析具体案情（如对方是否同意离婚、是否存在家暴等法定离婚情形），可随时向我咨询，我会结合证据为您制定诉讼策略。