针对违规占用国有房屋的起诉问题，核心结论是：您可以通过民事诉讼中的“返还原物纠纷”或“排除妨害纠纷”案由，向法院起诉要求对方停止侵害、返还房屋并赔偿损失。以下是具体操作步骤和法律分析：

1. 明确诉讼主体和法律依据

• 原告主体：国有房屋的管理单位（如国资委下属企业、事业单位）或实际使用人（需有合法授权或租赁合同）。
• 被告主体：直接占用房屋的个人或单位（需明确其身份信息，如姓名、身份证号、企业名称等）。
• 法律依据：
  • 《民法典》第235条（返还原物请求权）：无权占有不动产或动产的，权利人可请求返还原物。
  • 《民法典》第236条（排除妨害请求权）：妨害物权或可能妨害物权的，权利人可请求排除妨害或消除危险。
  • 若涉及行政机关管理房屋，可结合《行政诉讼法》相关条款（如行政不作为或违法许可）。

2. 收集关键证据

• 房屋权属证明：房产证、国有土地使用证、政府划拨文件等，证明房屋归国家所有且您有权管理/使用。
• 占用事实证据：现场照片、视频、证人证言、占用方自认的书面材料（如短信、录音）等。
• 损失证据：若因占用导致租金损失、维修费用等，需提供合同、发票等凭证。
• 催告记录：通过律师函、书面通知等方式要求对方搬离的证据（证明您已履行前置程序）。

3. 起诉流程

• 撰写起诉状：明确原被告信息、诉讼请求（返还房屋、赔偿损失等）、事实与理由，并附证据清单。
• 提交法院：向房屋所在地基层人民法院立案庭提交材料（需准备被告人数+1份副本）。
• 缴纳诉讼费：根据诉讼请求金额按比例缴纳（如1万元以下收50元）。
• 参与庭审：法院会组织调解或开庭审理，您需出庭陈述事实、举证质证。
• 执行判决：若胜诉，对方拒不履行，可申请法院强制执行（如清退房屋、查封财产）。

4. 注意事项

• 诉讼时效：返还原物请求权不适用诉讼时效（但赔偿损失需在3年内主张）。
• 行政优先：若占用方与行政机关有关（如违规分配公房），可先通过行政复议或行政诉讼解决。
• 调解优先：诉讼前可尝试通过街道办、派出所等第三方调解，降低成本。
• 专业协助：涉及复杂权属或历史遗留问题，建议委托律师调查取证、制定诉讼策略。

示例场景：若某企业未经许可占用国资委名下商铺，您作为管理单位可起诉要求其搬离并支付占用费，需提供房产证、占用照片、租金市场价评估报告等证据。

如有具体案件细节（如占用方身份、房屋性质等），可进一步向我咨询，我会帮您分析证据链和诉讼风险。