道路救助基金是否扣除，需根据具体情况判断，通常不影响您向肇事者索赔的权利，但基金垫付部分可能需在赔偿中优先偿还。以下是详细分析：

1. 道路救助基金的性质与用途
   道路救助基金是依法设立的公益性基金，主要用于垫付交通事故中受害人的抢救费用、丧葬费用等。其核心目的是在肇事者逃逸、无力赔偿或未参保交强险等情况下，确保受害人能及时获得救治，体现社会救助功能。基金垫付不等于免除肇事者责任，受害人仍有权向肇事者主张全额赔偿。

2. 基金垫付与肇事者赔偿的关系

   • 若肇事者有赔偿能力：您通过诉讼获得赔偿后，需将道路救助基金垫付的款项优先偿还给基金管理机构（如交警部门或指定机构）。例如，基金垫付了5万元医疗费，您最终获赔20万元，则需从中划出5万元归还基金，剩余15万元归您所有。
     
   • 若肇事者无赔偿能力：基金垫付后，您可能无法从肇事者处实际获得赔偿，但基金的垫付已部分缓解了您的经济压力。此时，基金管理机构会通过法律程序向肇事者追偿，但追偿结果不影响您已获得的基金垫付。

3. 诉讼中的注意事项

   • 明确赔偿范围：在起诉肇事者时，需将医疗费、护理费、误工费等全部损失列入诉求，包括基金已垫付的部分。法院判决时，会明确肇事者需赔偿的总金额，但执行阶段可能涉及基金垫付的优先偿还。
     
   • 配合基金追偿：若基金管理机构要求您协助提供肇事者财产线索或参与追偿程序，建议您积极配合，这有助于维护基金的可持续性，间接保障其他受害人的权益。

4. 特殊情形处理

   • 肇事者逃逸：若肇事者逃逸且未被查获，基金垫付后，您无需向基金偿还，但需配合警方调查。若后续肇事者被找到，基金有权向其追偿。
     
   • 肇事者死亡且无遗产：若肇事者死亡且无遗产可供执行，基金垫付部分可能无法追偿，但您仍可通过其他途径（如商业保险）寻求补偿。

总结：道路救助基金的垫付不会影响您向肇事者索赔的权利，但基金垫付的款项需在赔偿中优先偿还。诉讼时，建议明确赔偿范围并配合基金追偿程序。如有具体案件细节（如肇事者财产状况、基金垫付金额等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您制定更精准的诉讼策略。