道路基金救援垫付的钱在判决时是否扣除，这主要取决于道路基金垫付的性质以及相关法律规定和案件具体情况，但通常情况下，道路基金救援垫付的钱在判决赔偿时会予以扣除。以下从几个方面进行详细分析：
一、道路基金垫付的性质
道路基金，通常指的是道路交通事故社会救助基金，其设立的目的是为了及时救助在道路交通事故中受伤的人员，减轻其经济负担。当道路交通事故中的受害人需要紧急救治，而肇事方暂时无法支付医疗费用时，道路基金可以先行垫付部分或全部医疗费用。这种垫付行为本质上是一种临时性的救助措施，旨在保障受害人的生命安全和健康权益。
二、判决时的扣除原则
避免重复赔偿：在道路交通事故赔偿案件中，法院判决赔偿的目的是为了弥补受害人因事故所遭受的损失。如果道路基金已经先行垫付了部分医疗费用，那么在判决赔偿时，这部分费用应当予以扣除，以避免受害人获得重复赔偿。
责任划分与承担：根据道路交通事故的责任划分，肇事方应当承担相应的赔偿责任。如果道路基金垫付的费用属于肇事方应当承担的部分，那么在判决时，这部分费用应当从肇事方的赔偿总额中扣除。
三、实际操作中的考虑因素
垫付金额与赔偿总额的关系：在判决时，法院会综合考虑道路基金垫付的金额与受害人实际遭受的损失以及肇事方的赔偿能力等因素，来确定最终的赔偿金额。如果道路基金垫付的金额较大，且肇事方赔偿能力有限，那么法院可能会在判决时适当扣除垫付金额，以减轻肇事方的经济负担。
道路基金的追偿权：道路基金在垫付费用后，通常享有向肇事方追偿的权利。如果肇事方在判决后未能按时履行赔偿义务，道路基金可以依法向其追偿。因此，在判决时扣除道路基金垫付的费用，并不影响道路基金后续的追偿权。
四、特殊情况的处理
在某些特殊情况下，如肇事方逃逸、无力赔偿等，道路基金可能会承担更多的垫付责任。在这种情况下，法院在判决时可能会根据具体情况，对道路基金垫付的费用进行特殊处理，如部分扣除或不予扣除等。但这种情况需要具体案件具体分析，不能一概而论。
建议：在实际操作中，如果涉及道路基金救援垫付的费用问题，建议当事人及时咨询专业律师，以便更好地了解相关法律规定和案件处理流程，维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。