结论：在一审后已过诉讼时效但对方在时效期内上诉的情况下，己方是否可以反诉，需根据具体情况判断。一般来说，如果反诉与本诉有牵连关系且符合反诉的提起条件，己方可以在二审中提出反诉；但如果反诉与本诉无直接牵连或不符合反诉条件，则可能无法在二审中直接提出，需另行起诉。
分析说明：
反诉的基本条件：
- 反诉应当与本诉有牵连关系，即反诉与本诉的诉讼请求基于相同法律关系、诉讼请求之间具有因果关系，或者反诉与本诉的诉讼请求基于相同事实。
- 反诉应当在举证期限届满前提出，但在二审中提出反诉的，需符合特定条件，如对方同意由二审法院一并审理等。
一审后已过诉讼时效的影响：
- 诉讼时效的经过主要影响的是原告的胜诉权，即如果原告在一审后才发现诉讼时效已过，且被告提出时效抗辩，原告可能面临败诉风险。
- 但对于被告而言，诉讼时效的经过并不剥夺其提出反诉的权利，只要反诉本身符合法律规定的条件。
对方在时效期内上诉的情况：
- 对方在时效期内上诉，意味着一审判决尚未生效，案件进入二审程序。
- 在二审程序中，如果己方希望提出反诉，需要满足反诉的基本条件，并且通常需要对方同意由二审法院一并审理，或者二审法院认为可以一并审理的。
具体操作建议：
- 如果反诉与本诉有牵连关系：己方可以在二审中尝试提出反诉，但需准备充分的证据和法律依据，以证明反诉与本诉的牵连性以及反诉的合法性。同时，应积极与对方沟通，争取对方同意由二审法院一并审理。
- 如果反诉与本诉无直接牵连或不符合反诉条件：己方可能无法在二审中直接提出反诉。此时，可以考虑另行起诉，但需注意新的诉讼时效问题，确保在新的诉讼时效期间内提起诉讼。
特殊场景：
- 如果一审判决已经因对方上诉而进入二审程序，且己方希望提出的反诉与本诉涉及完全不同的法律关系或事实，那么二审法院可能会认为反诉与本诉无直接牵连，从而不允许在二审中提出反诉。在这种情况下，己方需要另行准备材料，在符合起诉条件的情况下向有管辖权的法院提起新的诉讼。
行动建议：
- 在决定是否提出反诉前，己方应仔细评估反诉与本诉的牵连关系以及反诉的合法性。
- 积极与对方沟通，了解对方对反诉的态度，争取对方同意由二审法院一并审理。
- 如果决定提出反诉，应准备充分的证据和法律依据，并按照法院的要求提交反诉状和相关材料。
- 如果无法在二审中提出反诉，应及时咨询专业律师，了解另行起诉的可能性和风险，并做好相应的准备。
如有任何进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。