结论前置：在建设工程合同中，如果发包方主体不适格，该合同在一般情况下是无效的，但也存在特殊情况下合同有效或效力待定的可能。以下是对这一问题的详细分析：
一、发包方主体不适格导致合同无效的一般情况
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，有效的民事法律行为需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实以及不违反法律、行政法规的强制性规定且不违背公序良俗。在建设工程合同中，如果发包方主体不适格，如未获得项目施工所需的法定批准手续，或者将工程发包给不具有相应资质的建筑企业，这将直接导致合同无效。因为发包方不具备相应的民事行为能力或主体资格，无法履行合同义务，从而影响了合同的法律效力。
实例说明：假设某公司未获得相关部门的施工许可，便与一家建筑公司签订了建设工程合同。由于该公司不具备发包工程的法定资格，因此该合同将被认定为无效。
二、特殊情况下的合同有效性或效力待定
尽管发包方主体不适格通常导致合同无效，但在某些特殊情况下，合同仍可能有效或效力待定。这主要涉及到表见代理、法定代表人超越权限订立合同等情形。
表见代理情形：
- 法律规定：根据《民法典》第一百七十二条，如果行为人虽无代理权但相对人有理由相信其有代理权，则代理行为有效。
- 实例说明：在建设工程合同中，如果发包方的员工或代理人以发包方的名义与承包方签订合同，且承包方有合理理由相信该员工或代理人有代理权，那么即使发包方主体不适格，该合同也可能对发包方有效。
法定代表人超越权限订立合同：
- 法律规定：根据《民法典》第五百零四条，法人的法定代表人或者非法人组织的负责人超越权限订立的合同，除相对人知道或者应当知道其超越权限外，该代表行为有效。
- 实例说明：如果发包方的法定代表人未经公司授权或超越授权范围与承包方签订建设工程合同，但承包方并不知道此情况，那么该合同可能对发包方有效。
三、法律后果与应对措施
法律后果：
- 如果合同被认定为无效，发包方和承包方可能需要承担财产返还、折价补偿、损失赔偿等法律责任。
- 此外，发包方还可能面临行政处罚，如罚款、降低资质等级、吊销资质证书等。
应对措施：
- 严格审查主体资格：在签订建设工程合同前，务必对发包方的主体资格进行严格审查，确保其具备相应的民事权利能力和民事行为能力，以及符合建设工程相关法律法规要求的资质条件。
- 完善合同条款：明确约定双方的权利义务、违约责任等条款，确保合同内容的合法性和有效性。
- 加强合同管理：在合同履行过程中，加强合同管理，确保合同组成文件的传递、签署等程序符合法律法规要求，避免因程序瑕疵导致合同无效。
四、对工程质量与工程款支付的影响
- 工程质量：发包方主体不适格可能导致工程质量难以保证，因为不适格主体往往缺乏专业的施工能力、技术水平和管理经验。
- 工程款支付：合同无效后，发包方可能会以合同无效为由拒绝支付工程款，导致工程款支付受阻。同时，结算依据也可能不明确，需要根据法律规定重新确定结算方式。
总结与建议：在建设工程合同中，发包方主体不适格将带来严重的法律后果和实际问题。为避免这些风险，必须高度重视合同主体的资格审查和管理，确保合同的合法性和有效性。如果遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。