针对您提出的“恶意取得虚开增值税发票已经抵扣的处理依据”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、行政处理依据及措施
补缴税款
- 恶意取得虚开的增值税发票并已抵扣，意味着您所列支的成本费用并不真实。根据《中华人民共和国企业所得税法》等相关规定，税务机关有权要求您调增应纳税所得额，并补缴相应的税款。例如，若您恶意取得了100万元的虚开发票并已计入成本税前扣除，那么您需要按照适用税率（如25%）补缴25万元的企业所得税。
加收滞纳金
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》，若您未按规定期限缴纳税款，税务机关除责令限期缴纳外，还将从滞纳税款之日起按日加收万分之五的滞纳金。这意味着，如果您未在限期内补缴税款，每天都需要额外支付一定比例的滞纳金。
行政处罚
- 罚款：依据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条，对于偷税行为（包括恶意取得虚开发票），税务机关将追缴税款、滞纳金，并处以不缴或少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
- 其他措施：税务机关还可能采取停供发票等措施，以影响您的正常经营活动。同时，根据《中华人民共和国发票管理办法》，恶意取得虚开发票的行为还可能被责令改正，没收违法所得，并处1万元以下的罚款。
二、刑事处理依据及后果
罪名及量刑
- 恶意取得虚开的增值税发票可能触犯《中华人民共和国刑法》中的虚开发票罪。根据《刑法》第二百零五条之一，情节严重的，您可能面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金的处罚；情节特别严重的，则可能面临二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金的处罚。若为单位犯罪，单位将被判处罚金，同时直接负责的主管人员和其他直接责任人员也将受到相应处罚。
情节认定标准
- “情节严重”和“情节特别严重”的判定通常考虑虚开发票的份数、金额及造成国家税款损失的程度等因素。具体标准可能因地区而异，但一般来说，虚开发票金额累计达到一定数额（如100万元以上）即可能被认定为情节严重。
三、其他影响
信用评级受损
- 恶意取得虚开发票的行为将被纳入纳税信用评价体系，导致您的纳税信用等级降低。这将影响您在发票领用、银行贷款、政府招投标等方面的业务活动，给您的经营带来不便。
企业经营受影响
- 一旦您的恶意取得虚开发票行为被曝光，您的商业信誉将受到严重损害。合作伙伴可能因此失去对您的信任，进而影响您的业务拓展和长期发展。对于个人而言，违法记录也可能对您的职业发展产生负面影响。
四、建议与防范措施
- 严格核实发票信息：在取得发票时，务必严格核实发票的真实性、合法性以及开票人与实际交易人的一致性。
- 及时咨询专业机构：对于任何疑问或不确定的情况，应及时咨询专业律师或税务机构，以确保您的操作合规。
- 建立内部控制机制：加强企业内部对发票管理的监督和培训，提高员工的法律意识和风险防范能力，从源头上避免类似问题的发生。
综上所述，恶意取得虚开增值税发票并已抵扣是严重的违法行为，将面临行政、刑事等多方面的严厉处理。因此，我建议您务必严格遵守相关法律法规，确保企业的合规经营。