工程罚款是否在结算中扣除，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为你详细分析：
合同有明确约定的情况
约定扣除：如果建设工程合同中明确约定了工程罚款的扣除方式、条件及比例等，那么在结算时，应当按照合同约定执行。例如，合同中可能规定，若承包方未按时完成工程，需按照合同总价的一定比例支付罚款，该罚款在结算时直接从工程款中扣除。
约定不扣除但有其他处理方式：合同中也可能约定，工程罚款不直接在结算中扣除，而是作为承包方对发包方的赔偿，通过其他方式（如支付违约金、提供额外服务等）进行补偿。
合同无明确约定的情况
依据法律法规：在合同没有明确约定的情况下，需要依据相关法律法规来判断工程罚款是否应在结算中扣除。一般来说，如果罚款是由于承包方违反法律法规或合同约定而产生的，且该罚款具有合法性和合理性，那么发包方有权要求在结算中扣除。但具体扣除方式和比例，可能需要通过协商、调解或诉讼等方式确定。
协商处理：在合同无明确约定且法律法规也无具体规定的情况下，双方可以通过协商来处理工程罚款的扣除问题。协商时，应充分考虑罚款的原因、性质、金额以及双方的利益平衡等因素，力求达成公平合理的解决方案。
实际操作中的注意事项
保留证据：无论是发包方还是承包方，在涉及工程罚款的问题上，都应保留好相关证据，如合同、罚款通知、支付凭证等，以便在结算或争议解决时提供有力支持。
及时沟通：在发现可能产生工程罚款的情况时，双方应及时沟通，明确罚款的原因、金额及处理方式等，避免问题扩大化或复杂化。
寻求专业意见：如果双方对工程罚款的扣除问题存在争议或无法达成一致意见，可以寻求专业律师或法律机构的意见，以便更好地维护自身权益。
举例说明：假设某建设工程合同中约定，若承包方未按时完成工程，需按照合同总价的2%支付罚款。在实际施工过程中，承包方确实存在未按时完成工程的情况。那么，在结算时，发包方有权按照合同约定，从工程款中扣除相应比例的罚款。
总结与建议：工程罚款是否在结算中扣除，需根据合同约定和法律法规来判断。在签订合同时，双方应明确约定工程罚款的相关条款；在施工过程中，双方应严格遵守合同约定和法律法规；在结算时，双方应按照合同约定和法律法规进行处理。如有任何疑问或争议，建议及时向我咨询，以便更好地维护自身权益。