代建协议中可以约定由总包支付代建费，但这一约定需满足一定的法律条件和实务要求。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律层面分析
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容，包括费用的支付方式和支付主体。
- 因此，代建协议中约定由总包支付代建费，从法律原则上讲，是可行的。
合同相对性原则：
- 合同相对性原则要求合同的权利义务仅对合同双方当事人产生约束力。在代建协议中，如果约定由总包支付代建费，那么这一约定应当明确且具体，确保总包作为合同一方（或虽非直接合同方但经合法授权或同意）承担支付义务。
- 同时，需要确保这一约定不损害其他合同方的合法权益，也不违反法律、行政法规的强制性规定。
二、实务层面分析
代建费支付主体的合理性：
- 在实务中，代建费通常由代建方收取，用于覆盖其代建过程中的成本、费用及利润。如果约定由总包支付代建费，需要明确总包支付代建费的合理性和必要性，例如总包可能因代建方的服务而获得了额外的利益或便利。
- 同时，需要确保总包有支付代建费的能力和意愿，避免因支付问题导致合同纠纷。
合同条款的明确性：
- 代建协议中应明确约定代建费的金额、支付方式、支付时间等关键条款，以及总包支付代建费的具体条件和程序。
- 例如，可以约定在总包收到工程款后的一定时间内，按照一定比例或金额向代建方支付代建费。
风险防控：
- 约定由总包支付代建费可能增加代建方的收款风险。因此，代建方应在合同中设置相应的风险防控条款，如要求总包提供担保、设置违约金条款等。
- 同时，代建方应密切关注总包的财务状况和支付能力，及时采取措施防范风险。
三、可能面临的法律后果
合同纠纷：
- 如果代建协议中关于总包支付代建费的约定不明确或存在争议，可能导致合同双方产生纠纷。
- 在纠纷解决过程中，法院或仲裁机构将根据合同约定、相关法律法规及行业惯例等因素进行裁决。
支付风险：
- 如果总包因各种原因无法或拒绝支付代建费，代建方可能面临收款困难的风险。
- 代建方应通过合同条款设置、风险防控措施等方式降低这一风险。
建议：在代建协议中约定由总包支付代建费时，应确保合同条款明确、合理且合法，并充分考虑实务操作中的可行性和风险防控。如有需要，可以咨询专业律师进行合同审查和风险评估。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。