结论：合同约定甲方注册所在地法院管辖在符合法律规定且是双方真实意愿的情况下是有效的，但一般情况下不能在合同履行地起诉，不过也存在一些例外情形。以下为你详细分析：
合同约定甲方注册所在地法院管辖的有效性
- 符合法律规定
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。甲方注册所在地通常属于与争议有实际联系的地点，只要该约定不违反级别管辖和专属管辖，就是合法的。
- 例如，甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中明确约定“如双方在本合同履行过程中发生争议，协商不成的，任何一方均有权向甲方注册所在地有管辖权的人民法院提起诉讼”，且该合同纠纷不属于专属管辖案件，也不违反级别管辖规定，那么这个约定就是有效的。
- 双方真实意愿的表达
- 管辖约定必须是双方当事人真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等违法情形。如果一方利用优势地位强迫另一方接受该管辖约定，那么该约定可能因显失公平而被撤销。
一般情况下不能在合同履行地起诉的原因
合同约定了甲方注册所在地法院管辖，这意味着双方已经通过书面协议确定了管辖法院，对双方当事人具有约束力。根据合同约定优先原则，在合同有效且未违反法律强制性规定的情况下，应当遵循这一约定，所以一般情况下不能在合同履行地起诉。
可以在合同履行地起诉的例外情形
- 合同无效或条款无效
- 如果合同本身被认定为无效，或者关于诉讼地点的条款因违反法律强制性规定而被认定无效，那么就不再受该管辖约定的限制，乙方可以在合同履行地或其他有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 例如，合同存在以合法形式掩盖非法目的等导致合同无效的情形，或者管辖约定违反了级别管辖和专属管辖规定，此时乙方就有可能在合同履行地起诉。
- 被告提出管辖权异议并成功
- 在某些情况下，即使合同中约定了诉讼地点，被告（甲方）也可能提出管辖权异议，认为案件应由其他有管辖权的人民法院审理。如果法院支持了被告的异议申请，那么案件可能会被移送至其他法院审理，有可能就会移送到合同履行地法院。
- 专属管辖
- 根据法律规定，某些特定类型的案件由特定的人民法院专属管辖，不受当事人约定的影响。例如，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。如果合同纠纷涉及不动产，且符合专属管辖的条件，那么乙方可以在不动产所在地（即合同履行地之一）提起诉讼。
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