若图形商标被他人以美术作品进行著作权保护，可分以下情况处理：

1. 若图形商标系您原创且创作时间早于对方美术作品登记或创作时间

   • 主张商标权与著作权的双重保护：商标权与著作权是独立存在的两种权利。您可向版权登记部门提出异议，提供商标设计底稿、创作过程文件（如草图、修改记录）、首次发表证明（如产品包装、宣传资料）等材料，证明您才是该图形的著作权人。
     
   • 通过行政或司法途径维权：若对方已将该图形作为美术作品用于商业用途（如印制在商品包装、广告中），您可向市场监管部门投诉商标侵权，或直接向法院起诉对方侵犯著作权，要求停止使用、赔偿损失。
     

2. 若图形商标系您委托第三方设计，但未明确约定著作权归属

   • 依据《著作权法》推定权利归属：根据《著作权法》第19条，委托作品著作权归属由委托人和受托人通过合同约定；未约定或约定不明确的，著作权属于受托人。此时需尽快与设计师补签协议，明确著作权归您所有，或通过协商、诉讼确认权利归属。
     
   • 防范后续风险：若无法取得著作权，对方可能以“美术作品著作权人”身份主张您商标侵权，甚至要求撤销商标。建议提前收集使用证据（如商标注册证、持续使用证明），证明您已形成稳定的市场秩序，降低被撤销风险。
     

3. 若图形商标与对方美术作品构成实质性相似，但您独立创作且无接触可能

   • 主张“独立创作”抗辩：著作权保护的是表达而非思想。若您能证明双方图形是独立创作完成（如提供完全不同的设计思路、创作时间线），即使外观相似，也不构成侵权。
     
   • 通过专业鉴定辅助证明：可委托知识产权鉴定机构对两幅图形的独创性、相似度进行鉴定，作为诉讼或谈判的证据。
     

行动建议：

• 立即收集商标设计、使用、宣传的完整证据链（如设计合同、底稿、注册证、销售记录等）；
  
• 委托律师向版权登记部门查询对方美术作品的登记信息（如登记时间、内容），评估侵权风险；
  
• 根据权利归属情况，选择协商、投诉或诉讼策略，优先通过书面函件固定对方侵权事实。
  

如有具体证据或细节需要分析，可直接向我提供材料，我会进一步为您制定维权方案。