您可以按照以下步骤处理邻居损坏您房顶多处的问题：

1. 固定证据
   首先，立即对房顶损坏情况进行拍照、录像，记录损坏的具体位置、程度及细节（如裂缝宽度、漏水痕迹等）。若条件允许，可联系物业或社区工作人员到场见证，并要求其出具书面说明。若损坏涉及隐蔽工程（如内部结构受损），建议委托专业鉴定机构出具检测报告。这些证据将直接影响后续责任认定和赔偿金额。

2. 与邻居协商
   携带证据与邻居沟通，明确指出其行为已造成您的财产损失，要求其承担修复责任或赔偿损失。协商时注意保留书面记录（如微信聊天记录、书面协议），若邻居承认过错，可要求其签署《赔偿协议》并注明赔偿金额、支付方式及修复期限。若邻居拒绝沟通或否认责任，需立即转入下一步。

3. 通过第三方调解
   若协商无果，可向物业、社区居委会或人民调解委员会申请调解。调解机构会组织双方协商，并出具《调解协议书》。若邻居同意调解结果，该协议具有法律效力；若拒绝，您可凭调解记录作为后续诉讼的辅助证据。

4. 提起民事诉讼
   若调解失败，您可向法院提起财产损害赔偿纠纷之诉。起诉时需提交：

   • 证据材料（照片、视频、鉴定报告、物业证明等）；
     
   • 损失清单（修复费用估算、因漏水导致的其他财产损失等）；
     
   • 起诉状（明确诉讼请求，如要求邻居赔偿修复费用、误工费等）。
     法院会根据证据认定责任比例，并判决邻居承担相应赔偿责任。若邻居拒不履行判决，您可申请强制执行。

5. 特殊情形处理

   • 若邻居拒不配合且态度恶劣：可向公安机关报案，主张邻居涉嫌故意毁坏财物（需达到当地刑事立案标准，如损失金额较大）。若公安机关立案，邻居可能面临刑事处罚，同时您可提起刑事附带民事诉讼要求赔偿。
     
   • 若损坏由邻居家漏水导致：需先确认漏水原因（如邻居装修破坏防水层、管道老化等）。若因邻居过错导致漏水，其仍需承担赔偿责任；若因房屋本身质量问题（如公共管道老化），则可能需通过物业或业主委员会申请维修基金处理。

温馨提示：处理过程中保持冷静，避免与邻居发生肢体冲突或言语辱骂，否则可能因自身过错被对方反诉。若对证据固定或诉讼流程不熟悉，可随时向我咨询具体操作细节。