结论：能否要回系统多扣的款项，需视具体情况而定，包括协商减免的约定形式、款项扣除的原因及双方过错程度等。以下从不同角度为您详细分析：

一、协商减免的约定形式及效力

1. 书面协议：

   • 若您与对方就减免500元达成了书面协议，且协议中明确约定了减免的金额、条件及支付方式等，那么该协议具有法律效力。
   • 在此情况下，如果系统错误地扣除了本应减免的款项，您有权依据书面协议要求对方返还多扣的款项。

2. 口头协议：

   • 若双方仅通过口头方式达成减免协议，虽然口头协议在法律上也是有效的，但举证难度较大。
   • 如果您能提供其他证据（如聊天记录、录音等）来证明双方确实存在减免的约定，那么您仍然有权要求对方返还多扣的款项。但若无法提供充分证据，则可能面临举证不能的风险。

二、款项扣除的原因及过错程度

1. 系统错误：

   • 如果系统错误是导致款项被错误扣除的唯一原因，且您在此过程中没有过错，那么您有权要求对方返还多扣的款项。
   • 您可以与对方沟通，说明情况并提供相关证据（如银行流水、系统截图等），要求对方进行退款处理。

2. 双方过错：

   • 如果款项被扣除的原因部分或全部归咎于您（例如，您未按照约定时间或方式支付款项，导致系统自动扣款），那么您可能需要承担一定的责任。
   • 在此情况下，您可以与对方协商，看是否能够部分返还多扣的款项，或者通过其他方式（如延长还款期限、减免其他费用等）来达成妥协。

三、法律救济途径

1. 协商解决：

   • 您可以首先尝试与对方进行协商，看是否能够达成一致意见并解决问题。
   • 在协商过程中，您可以明确表达自己的诉求和理由，并提供相关证据来支持自己的观点。

2. 投诉举报：

   • 如果协商无果，您可以向相关监管部门（如消费者协会、银保监会等）进行投诉举报，寻求帮助和支持。
   • 监管部门可能会介入调查，并协调双方进行解决。

3. 法律诉讼：

   • 如果其他途径均无法解决问题，您还可以考虑通过法律诉讼来维护自己的合法权益。
   • 在提起诉讼前，建议您咨询专业律师的意见，并准备好相关证据和材料。

建议：

• 在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，避免情绪化地处理问题。
• 尽可能收集并保留好相关证据（如书面协议、聊天记录、银行流水、系统截图等），以便在需要时提供证明。
• 如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。