未进行登记的经济合作社是否有效，需分情况讨论，结论如下：
若经济合作社已实际成立并开展经营活动，但未依法办理登记手续，其内部运营及部分对外行为可能有效，但整体法律地位存疑
根据《民法典》第一百零三条，非法人组织（如未登记的经济合作社）若依法设立并领取营业执照，可取得相应民事权利能力和行为能力。但若未登记，其虽能以“实际存在”为由主张部分权利（如内部成员权益分配、简单合同履行），但无法以合法组织身份对外主张权利（如起诉、应诉、签订大额合同等）。司法实践中，法院可能基于“事实合作关系”认定其部分行为有效，但会严格限制其权利范围。
若经济合作社未登记且未实际运营，仅以“合作社”名义开展活动，则可能被认定为无效或存在重大法律风险
未登记的经济合作社若未实际开展业务（如未召开成员大会、未制定章程、未分配收益），其“合作社”身份缺乏事实支撑，可能被认定为“虚构主体”。此时，其对外签订的合同可能因主体不适格被认定为无效（如《民法典》第一百四十三条关于“民事法律行为有效要件”的规定），成员可能需承担个人责任（如连带清偿债务）。
未登记的经济合作社无法享受法律赋予的合法组织权益，且可能面临行政处罚
根据《市场主体登记管理条例》第三条，经济合作社作为农民专业合作经济组织，必须依法登记才能取得市场主体资格。未登记的合作社无法开具发票、申请贷款、参与政府采购，且可能被市场监管部门责令改正或罚款（如《市场主体登记管理条例》第四十三条）。此外，其成员可能因“擅自以合作社名义活动”被追究行政责任。
建议：
若您是经济合作社成员或相关方，应尽快补办登记手续（需提交章程、成员名单、出资清单等材料），以明确法律地位、规避风险。若已因未登记产生纠纷（如合同纠纷、债务纠纷），可进一步向我咨询具体应对方案，我会结合证据材料为您分析诉讼策略或协商路径。