双方都是自然人签订的股份代持协议，在一般情况下并不需要加盖公章。以下是对这一问题的详细分析：

1. 协议性质与效力：

   • 股份代持协议是实际出资人与名义股东之间就股权代持相关事宜所达成的合同。其核心在于明确双方关于股权持有、投资权益归属等内部约定。
   • 只要实际出资人和名义股东的意思表示真实，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么这份股份代持协议即具有法律效力，对双方均产生法律约束力。公章的加盖并非协议生效的必要条件。

2. 公章的作用与必要性：

   • 公章通常用于法人或组织对外表示其意志或身份，具有法律上的证明力。但在自然人之间的合同中，公章并非必需，因为自然人的签名或手印即足以表示其真实意思。
   • 在股份代持协议中，如果双方都是自然人，且协议内容仅涉及双方之间的权利和义务关系，那么加盖公章并没有特别的法律意义或必要性。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 公司知晓并认可代持安排：虽然股份代持协议主要调整实际出资人与名义股东之间的关系，但如果公司对股权代持情况完全知情且明确表示同意，公司盖章可以起到确认和证明的作用，增强协议的公信力和稳定性。但这并非协议生效的必要条件，而是出于增强协议效力和减少潜在纠纷的考虑。
   • 涉及公司特定事项：若股份代持协议中涉及到公司的特定权利义务，如名义股东行使表决权的方式将直接影响公司的重大决策，或协议中赋予实际出资人某些与公司直接相关的特殊权益，那么在这种情况下，公司盖章确认可能具有一定的必要性，以确保公司明确自己在这些特定事项中的立场和责任。

建议：

• 在签订股份代持协议时，双方应确保协议内容明确、合法，并充分考虑到可能涉及的法律风险和后果。
• 如果协议内容涉及公司特定事项或公司知晓并认可代持安排，可以考虑要求公司盖章确认，以增强协议的公信力和稳定性。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。