关于您提出的“集体土地申请商用建厂可以转让吗”这一问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂问题。以下是我为您详细分析后的解答：
一、可以转让的情形
合法建设与审批：
- 首先，厂房必须是在依法取得集体建设用地审批手续，并获得乡村建设规划许可证等合法证件的基础上建设的。这是厂房转让的前提条件，确保了厂房的合法性和合规性。
- 如果厂房所在的集体土地已经依法转变为国有土地性质，那么厂房的转让就需要遵循国有土地上的厂房转让规定，这种情况下转让通常是允许的。
集体组织同意：
- 厂房转让还需要遵循所在农村集体经济组织的规定，通常需要经过村民会议或村民代表会议的同意。这是确保转让行为符合集体意愿和利益的重要步骤。
受让方资格：
- 受让方如果是本集体经济组织成员，并且符合相关条件（如生产经营需求、规划要求等），那么厂房转让相对容易实现。
- 如果受让方是非本集体经济组织成员，那么需要经过相关部门的审批，并获得使用集体土地的资格，才能进行转让。
符合规划要求：
- 厂房的建设和使用必须符合土地利用总体规划和城乡规划的要求。这是确保土地资源合理利用和城乡协调发展的重要前提，也是厂房转让的必要条件。
二、存在限制或禁止转让的情形
违法建筑：
- 如果厂房是未经批准擅自建设在集体土地上的违法建筑，那么这样的厂房是不得转让的。违法建筑不受法律保护，转让将面临法律后果，包括无法办理产权转移手续和被拆除的风险。
违反土地用途管制：
- 集体土地有明确的用途管制。如果厂房的建设和使用违反了土地规划用途（如将农用地改为工业用地而未经审批），那么这样的厂房也是不能转让的。此类行为违反了土地管理法规，将受到相应的法律制裁。
法律法规限制：
- 在某些特殊情况下，法律法规可能对集体土地上厂房的转让作出限制。例如，涉及国家重点保护的文物、生态保护区域内的厂房等，可能因保护需要而限制或禁止转让。
三、操作建议
咨询专业律师：
- 在进行厂房转让前，我建议您咨询专业律师以了解相关法律法规和政策要求，确保转让行为的合法性和有效性。
与相关部门沟通：
- 您还需要与当地自然资源部门、住房和城乡建设部门等政府机构沟通，了解具体的政策规定和审批流程，以便更好地进行厂房转让。
谨慎审查受让方资格：
- 在转让过程中，您应谨慎审查受让方的资格和条件，确保其符合相关法律法规和政策要求，避免后续出现法律纠纷。
综上所述，集体土地上的厂房能否转让，需综合考虑厂房的合法性、土地利用规划、集体经济组织意见及政府审批等多方面因素。只有在符合相关法律法规和政策要求的前提下，才能依法进行转让。因此，在进行厂房转让前，您务必充分了解相关法律法规和政策规定，并咨询专业律师的意见以确保转让行为的合法性和有效性。